help/html/editing/index.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Editing</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Editing</strong></p>\r
   5 <p><em>Jalview 2.08 Enhancements -</em> Editing can be restricted to the current \r
   6   selection area. This allows the user to &quot;Lock&quot; the alignment either \r
   7   side of the selection area. Any gap insertions or deletions will only affect \r
   8   the current selection area. </p>\r
   9 <p><img src="editing.jpg" width="428" height="186" align="top"></p>\r
  10 <p>In this example, if Sequence IL2RA_MACMU has gaps removed from position 98-104, \r
  11   the same number of gaps will be inserted at position 116, (between M and L). \r
  12 </p>\r
  13 <p>Editing is possible via the keyboard by toggling the Cursor mode on / off with \r
  14   F2. A full list of keyboard editing actions is found <a href="../keys.html">here</a>. \r
  15 </p>\r
  16 <p><strong>Tip:</strong> For large alignments, deselect &quot;Calculate -&gt; \r
  17   Autocalculate Consensus&quot; to prevent the alignment performing lengthy calculations \r
  18   after every edit. </p>\r
  19 <p><em>Inserting / removing gaps</em> - hold down the &quot;Shift&quot; key. Click\r
  20   a residue with the mouse and drag the residue to the right to insert gaps or\r
  21   to the left to remove gaps.<br>\r
  22   If the residue selected is within a defined group, hold down either &quot;Control&quot; \r
  23   key and drag the residue left or right to edit all sequences in the defined \r
  24   group at once. </p>\r
  25 <p><em>Copy/paste/cut/delete</em> - any sequences which are in the current selection\r
  26   box (indicated in red) may be cut and / or copied to a new alignment or deleted.\r
  27 </p>\r
  28 <p><em>Undo / redo</em> - editing of sequences (insertion/removal of gaps, removal\r
  29   of sequences, trimming sequences etc) may be undone or redone at any time using\r
  30   the appropriate menu items from the edit menu. The undo history list only allows\r
  31   a maximum of 10 actions.\r
  32 <p><em>Trimming alignment</em> - First select a column by clicking the scale indicator\r
  33   (above the sequences) The alignment may then be trimmed to the left or right\r
  34   of this column. If multiple columns are selected, the alignment is trimmed to\r
  35   the right of the rightmost selected column (or to the left of the leftmost selected\r
  36   column)</p>\r
  37 <p><em>Remove gapped columns</em> - Removes columns within the alignment which\r
  38   contain only space characters (&quot;-&quot; or &quot;.&quot; or &quot; &quot;)</p>\r
  39 <p><em>Removing gaps</em> - Removes all gaps from the alignment. Gaps are &quot;-&quot;\r
  40   or &quot;.&quot; or &quot; &quot;.</p>\r
  41 <p><em>Set gap character</em> - Switches the gap character between &quot;.&quot;\r
  42   and &quot;-&quot;. If the &quot;Render Gaps&quot; option from the &quot;View&quot;\r
  43   menu is unticked all gaps will appear as blank spaces.</p>\r
  44 <p>&nbsp;</p>\r
  45 </body>\r
  46 </html>\r