help/html/features/bioJsonFormat.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>BioJSON-1.0</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <h1>BioJSON 1.0</h1>
  27         BioJSON is a JavaScript Object Notation (JSON) specification for the representation and exchange of bioinformatics data.
  28         The first version of the specification was developed in 2015 and implemented in Jalview 2.9. Find out more about BioJSON
  29         at <a href="http://jalview.github.io/biojson/">http://jalview.github.io/biojson/</a>.
  30
  31         <h2>Features supported</h2>
  32         Export and import of a single alignment along with it's properties listed below:
  33         <ul>
  34                 <li>Alignment Annotations</li>
  35                 <li>Alignment Features</li>
  36                 <li>Alignment Sequences</li>
  37                 <li>Color Scheme</li>
  38                 <li>Hidden Columns</li>
  39                 <li>Hidden Sequences</li>
  40                 <li>Sequence Groups</li>
  41         </ul>
  42
  43         <h2>Features not yet supported</h2>
  44         The following features are not supported in BioJSON-1.0:
  45         <ul>
  46                 <li>Export and import of Reference sequence</li>
  47                 <li>Export and import of Representative sequence</li>
  48                 <li>Export and import of Trees</li>
  49                 <li>Export and import of 3D Structures</li>
  50         </ul>
  51 </body>
  52 </html>