help/html/features/biojsmsa.html

   1 <html>
   2 <title>BioJS MSA Viewer Export</title>
   3 <body>
   4   <p>
   5     <strong>Exporting Alignments for viewing with the BioJS MSA
   6       Viewer</strong>
   7   </p>
   8   <p>
   9     Since Jalview 2.9, HTML files can be generated from an alignment
  10     within the Jalview desktop application that show the alignment in an
  11     interactive viewer called 'BioJS-MSA'. These pages embed Jalview's
  12     alignment data as <a href="bioJsonFormat.html">BioJSON</a>, which
  13     can be imported back into Jalview, and also interpreted by the BioJS
  14     MSA viewer. The BioJS MSA Viewer is a full-featured JavaScript based
  15     multiple sequence alignment visualisation system created by a
  16     community of biological data visualisation developers, and is
  17     developed independently of Jalview.
  18   </p>
  19   <p>
  20     To find out more about the BioJS MSA Viewer, please go to <a
  21       href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>.
  22   </p>
  23
  24   <p>
  25     <strong>Making sure your BioJS MSA export uses the latest
  26       BioJS MSA Viewer</strong>
  27   </p>
  28   <p>In order to allow Jalview to export data with the latest
  29     version of the MSA viewer, the Jalview Desktop will download
  30     templates for HTML export from our public GitHub Repository.
  31     Normally, this should happen without you needing to do anything, but
  32     if you do encounter problems, then please get in contact via the
  33     jalview-discuss mailing list, or file a bug report.</p>
  34   <p>Templates are downloaded to a directory called
  35     '.biojs_templates' in your user's home storage space (e.g.
  36     ~/.biojs_templates).</p>
  37 </body>
  38 </html>