help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <title>Jalview Command Line Arguments
   3 </title>
   4 <body>
   5  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
   6  Arguments</strong></p>
   7  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
   8  line</a> for more information.<br>
   9  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  10  <tr >
  11  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  12  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  13  </tr>
  14
  15  <tr>
  16  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  17  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  18  of users default.</div></td>
  19  </tr>
  20  <tr>
  21  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  22  <td><div align="left">
  23  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  24  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  25  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  26
  27  </div></td>
  28  </tr>
  29         <tr>
  30                 <td>
  31                 <div align="center">-annotations FILE</div>
  32                 </td>
  33                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  34                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  35                 description.</td>
  36         </tr>
  37         <tr>
  38                 <td>
  39                 <div align="center"></div>
  40                 <td>
  41                 <div align="left"></div>
  42                 </td>
  43         </tr>
  44         <tr>
  45                 <td>
  46                 <div align="center">-tree FILE</div>
  47                 <td>
  48                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  49                 the alignment</div>
  50                 </td>
  51         </tr>
  52         <tr>
  53                 <td>
  54                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  55                 <td>
  56                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  57                 any Jalview user questionnaires</div>
  58                 </td>
  59         </tr>
  60         <tr>
  61                 <td>
  62                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  63                 <td>
  64                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  65                 </td>
  66         </tr>
  67         <tr><td>
  68                 <div align="center">-nousagestats</div>
  69                 <td>
  70                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  71                 </td>
  72         </tr>
  73         <tr>
  74                 <td>
  75                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
  76                 <td>
  77                 <div align="left">Add and enable a das server with given
  78                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
  79                 for all alignments</div>
  80                 </td>
  81         </tr>
  82         <tr>
  83                 <td>
  84                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
  85                 <td>
  86                 <div align="left">Query nickname for features for the alignments
  87                 and display them</div>
  88                 </td>
  89         </tr>
  90         <tr>
  91                 <td>
  92                 <div align="center">-groovy FILE</div>
  93                 <td>
  94                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
  95                 arguments have been processed</div>
  96                 </td>
  97         </tr>
  98         <tr>
  99                 <td>
 100                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 101                 </td>
 102
 103                 <td>
 104                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 105                 </td>
 106         </tr>
 107         <tr>
 108  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 109  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 110  </tr>
 111  <tr>
 112  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 113
 114  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 115  </tr>
 116  <tr>
 117  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 118  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 119  </tr>
 120  <tr>
 121  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 122
 123  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 124  </tr>
 125  <tr>
 126  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 127  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 128  </tr>
 129  <tr>
 130  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 131  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 132  </tr>
 133  <tr>
 134  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 135
 136  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 137  </tr>
 138  <tr>
 139  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 140  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 141  </tr>
 142  <tr>
 143  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 144
 145  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 146  image.</div></td>
 147  </tr>
 148  <tr>
 149  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 150  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 151  </tr>
 152  </table>
 153 </body>
 154 </html>