help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <title>Jalview Command Line Arguments
   3 </title>
   4 <body>
   5  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
   6  Arguments</strong></p>
   7  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
   8  line</a> for more information.<br>
   9  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  10  <tr >
  11  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  12  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface.</div></td>
  13  </tr>
  14
  15  <tr>
  16  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  17  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  18  of users default.</div></td>
  19  </tr>
  20  <tr>
  21  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  22  <td><div align="left">
  23  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  24  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  25  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  26
  27  </div></td>
  28  </tr>
  29  <tr>
  30  <td><div align="center">-annotations FILE</div></td>
  31  <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation
  32  File</a> description.</td>
  33  </tr>
  34  <tr>
  35  <td><div align="center">-fasta FILE</div></td>
  36
  37  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div></td>
  38  </tr>
  39  <tr>
  40  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
  41  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
  42  </tr>
  43  <tr>
  44  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
  45
  46  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
  47  </tr>
  48  <tr>
  49  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
  50  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
  51  </tr>
  52  <tr>
  53  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
  54
  55  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
  56  </tr>
  57  <tr>
  58  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
  59  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
  60  </tr>
  61  <tr>
  62  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
  63
  64  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
  65  </tr>
  66  <tr>
  67  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
  68  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
  69  </tr>
  70  <tr>
  71  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
  72
  73  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
  74  image.</div></td>
  75  </tr>
  76  <tr>
  77  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
  78  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
  79  </tr>
  80  </table>
  81 </body>
  82 </html>