JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
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1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>DNA Sequence Coding Region Definition</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>DNA Sequence Coding Region Definition</strong>
28   </p>
29   <p>
30     Jalview includes the standard DNA codon translation table in order
31     to be able to dynamically translate cDNA to its expressed protein
32     sequence. DNA Sequence Coding Regions are sequence features that can
33     be defined on any DNA sequence in order to mark stretches of cDNA
34     that will be concatenated to form the series of codons that are
35     translated by the <strong>&quot; Calculate&#8594;Translate
36       cDNA&quot;</strong> menu function.
37   </p>
38 </body>
39 </html>