help/html/features/creatinFeatures.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Creating Sequence Features</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <strong>Creating Sequence Features</strong>
  41 <p>Jalview can create sequence features from the matches of a <a
  42         href="search.html">regular expression search</a>, or from the currently
  43 selected area via the <strong>&quot;selection&#8594;Create
  44 sequence feature&quot;</strong> entry in the <a href="../menus/popupMenu.html">selection area popup menu</a>. In both
  45 cases, the <strong>Create Features</strong> dialog box will then be
  46 opened:</p>
  47 <p><img src="crnewfeature.gif"></p>
  48 <p>Select or enter the attributes for the features being created,
  49 and then press OK to create the new features.</p>
  50 <p>Each attribute is described below:
  51 <ul>
  52         <li><strong>Sequence Feature Name</strong>
  53         <p>Either give the new features a new name or use the menu to
  54         re-use an existing feature name.</p>
  55         </li>
  56         <li><strong>Feature group</strong>
  57         <p>Enter a new group name, or re-use an existing group from the
  58         pull-down menu.</p>
  59         </li>
  60         <li><strong>Feature Colour</strong>
  61         <p>Keep the existing colour for this feature's name and group, or
  62         select the colour box to open a colour chooser to pick a different one.</p>
  63         </li>
  64         <li><strong>Description</strong>
  65         <p>Enter a description for all the features being created. Each
  66         feature defined on a sequence may have its own description that will be
  67         displayed in the tooltip for the feature in that region.</p>
  68         </li>
  69 </ul>
  70 </p><p><em>Sequence Feature Creation was introduced in Jalview Version 2.2</em></p>
  71 </body>
  72 </html>