help/html/features/cursorMode.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Cursor Mode</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Cursor Mode</strong></p>
   7 <p>Cursor mode is a new feature in Jalview 2.08, and allows more
   8 precise selection and editing of alignments through the use of the
   9 keyboard for both navigation and the input of editing and selection commands.</p>
  10 <p><em>F2</em> Toggles between normal and cursor editing modes. When
  11 in cursor mode, a black cursor appears in the residue area of the
  12 alignment, and any mouse clicks on that area will move the cursor to
  13 that position (this means that the region selection menu is
  14 unavailable in cursor mode).</p>
  15 <p><b>Navigation</b>
  16 <ul>
  17   <li>Cursor keys - Move cursor around the alignment.</li>
  18 </ul>
  19 <ul>
  20   <li>S - Type a number x then press 'S' to jump to sequence x.</li>
  21 </ul>
  22 <ul>
  23   <li>C - Type a number x then press 'C' to jump to column x.</li>
  24 </ul>
  25 <ul>
  26   <li>P - Type a number x then press 'P' to jump to position x in current sequence.</li>
  27 </ul>
  28 <ul>
  29   <li>65,82&lt;return&gt; - Quick jump to column 65, sequence 82</li>
  30 </ul>
  31 </p>
  32 <p><b>Defining Regions</b>
  33 <ul>
  34   <li>Q - Define the top left corner of the selection area</li>
  35 </ul>
  36 <ul>
  37   <li>M - Define the bottom right corner of the selection area<br>
  38   </li>
  39 </ul>
  40 <p><b>Editing The Alignment</b>
  41 <ul>
  42   <li>Space - Insert a gap at the cursor position. <br>
  43     To insert 12 spaces at the current cursor, type 12 before pressing Space.<br>
  44     To group insert, hold control or shift together with space.</li>
  45 </ul>
  46 <ul>
  47   <li>Delete (or backspace) - Delete a gap at the cursor position.<br>
  48     To delete 12 spaces at the current cursor, type 12 before pressing
  49     Delete (or backspace).<br>
  50     To group delete, hold down control or shift together with Delete
  51     (or backspace).</li>
  52 </ul>
  53 </p>
  54 </body>
  55 </html>