help/html/features/dasfeatures.html

   1 <html>
   2
   3 <head>
   4 <title>DAS Features</title>
   5 </head>
   6
   7 <body>
   8 <p><strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong></p>
   9 <p>Jalview includes a client for retrieving sequence features via
  10 the <a href="http://www.biodas.org">Distributed Annotation System</a>.</p>
  11 <ol>
  12         <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View -&gt;
  13         Feature Settings...&quot;</li>
  14         <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS Settings</a>&quot;
  15         tabbed pane.</li>
  16         <li>Select the sources to use for DAS feature retireval, then
  17         click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
  18         <ul>
  19                 <li>Cancelling Feature Retrieval<br>
  20                 Press the <strong>Cancel Fetch</strong> button to immediately stop
  21                 feature retrieval. This will not remove any features already added to
  22                 the alignment, but will halt any outstanding DAS requests.<em>The
  23                 cancel fetch button is of particular use when one or more DAS
  24                 annotation servers are not responding!</em>
  25         </ul>
  26         </li>
  27 </ol>
  28 <p>If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
  29 accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
  30 Accession ids for the given sequence names. It is important to realise
  31 that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather than
  32 Swissprot/Uniprot sequence names.<br>
  33 <p><strong>The Sequence Identification Process</strong></p>
  34 The method of Uniprot accession id discovery is the same method which
  35 earlier Jalview versions used for sequence feature retrieval, and is now
  36 also used for
  37 <a href="viewingpdbs.html">PDB ID discovery</a>
  38 . Essentially, Jalview will try to retrieve Uniprot records via the
  39 EBI's WSDbFetch interface using each sequence's ID string (or each
  40 string in the ID separated by the '&#8739;' symbol).
  41 </p>
  42 <p>If a uniprot record (or set of records) is found for a sequence,
  43 then the sequence is aligned to the one in the Uniprot record to
  44 determine the correct start and end residue positions (which are
  45 displayed when the 'Show Full Sequence ID' option is set).</p>
  46 <p>If the alignment reveals differences between the sequence in the
  47 alignment and the one in the record, then Jalview will assume that the
  48 aligned sequence is not the one in the uniprot record.</p>
  49 <p>In some cases, the ID used to retrieve Uniprot records may be out
  50 of date and a dialog box will be opened indicating that a 100% match
  51 between the sequence and a Uniprot record was identified, but the
  52 sequence name is different. In this case, the ID must be manually
  53 changed (by right clicking on the sequence ID and selecting <strong>Sequence&#8594;Edit
  54 Name</strong>), before Jalview will show its sequence features.
  55 <ul>
  56         <li><em>Note</em><br>
  57         Please remember to save your alignment if either the start/end
  58         numbering, or the sequence IDs were updated during the Uniprot ID
  59         retrieval process.</li>
  60 </ul>
  61 <p>&nbsp;
  62 <p><em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em></p>
  63 <p>&nbsp;
  64 </body>
  65 </html>