help/html/features/dassettings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>DAS Settings</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>DAS Settings</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Jalview can retrieve sequences and features from many <a
  32       href="http://biodas.org/">DAS</a> sources. The DAS sources
  33     that it uses are discovered and selected <em>via</em> the DAS
  34     settings panel, opened either from the <a
  35       href="featuresettings.html">View&#8594;Feature Settings</a> dialog
  36     box from the alignment window's menu bar, or the <a
  37       href="featuresettings.html">Tools&#8594;Preferences</a>
  38     dialog box opened from the Desktop menu bar.
  39   </p>
  40   <p>
  41     <img src="das.gif">
  42   <p>The available sources are listed in the table using each
  43     source's Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in
  44     the table reveals more information about that service in the panel
  45     to the right. Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot;
  46     column for a source to add it to the set Jalview queries for
  47     alignment and sequence features.</p>
  48   <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
  49     &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to
  50     understand more about these values.
  51   <p>
  52     <strong>Updating the list of sources</strong>
  53   </p>
  54   <p>
  55     When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
  56       source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from
  57     the DAS registry URL. Note that the registry hosted at
  58     http://www.dasregistry.org/das/ was retired at the start of 2015. An
  59     alternative service is currently hosted at
  60     http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/. To connect to this
  61     service, ensure your .jalview_properties file includes the following
  62     line:<br> <b>DAS_REGISTRY_URL=http\://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/</b>
  63   </p>
  64   <p>
  65     <strong>Adding your own DAS Sources</strong>
  66   </p>
  67   <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
  68     &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of
  69     your additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will
  70     not query additional sources for more information, but this will be
  71     implemented in future editions.
  72   <p>&nbsp;
  73 </body>
  74 </html>