JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>DAS Settings</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>DAS Settings</strong>
29   </p>
30   <p>
31     Jalview can retrieve sequences and features from many <a
32       href="http://biodas.org/">DAS</a> sources. The DAS sources
33     that it uses are discovered and selected <em>via</em> the DAS
34     settings panel, opened either from the <a
35       href="featuresettings.html">View&#8594;Feature Settings</a> dialog
36     box from the alignment window's menu bar, or the <a
37       href="featuresettings.html">Tools&#8594;Preferences</a>
38     dialog box opened from the Desktop menu bar.
39   </p>
40   <p>
41     <img src="das.gif">
42   <p>The available sources are listed in the table using each
43     source's Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in
44     the table reveals more information about that service in the panel
45     to the right. Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot;
46     column for a source to add it to the set Jalview queries for
47     alignment and sequence features.</p>
48   <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
49     &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to
50     understand more about these values.
51   <p>
52     <strong>Updating the list of sources</strong>
53   </p>
54   <p>
55     When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
56       source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from
57     the DAS registry URL. Note that the registry hosted at
58     http://www.dasregistry.org/das/ was retired at the start of 2015. An
59     alternative service is currently hosted at
60     http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/. To connect to this
61     service, ensure your .jalview_properties file includes the following
62     line:<br> <b>DAS_REGISTRY_URL=http\://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/</b>
63   </p>
64   <p>
65     <strong>Adding your own DAS Sources</strong>
66   </p>
67   <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
68     &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of
69     your additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will
70     not query additional sources for more information, but this will be
71     implemented in future editions.
72   <p>&nbsp;
73 </body>
74 </html>