help/html/features/featuresFormat.html

   1 <html>\r
   2 \r
   3 <head><title>Features File Format</title></head>\r
   4 \r
   5 <body>\r
   6 <p><strong>Sequence Features File Format</strong></p>\r
   7 <p>Note: This format is primarily intended to be used for the applet, which does \r
   8   not have an XML parser and where file size must be kept to a minimum to reduce \r
   9   download time.</p>\r
  10 <p>(Prior to version 2.08 known as the &quot;Groups file&quot;)<br>\r
  11   A precalculated Features file can read onto an alignment from the command line \r
  12   (&quot;-features&quot;), by drag and dropping the features file onto an alignment \r
  13   or by selecting from the File menu &quot;Load Features / Annotations&quot;.</p>\r
  14 <p>Specify the feature types first, then refer to the feature type for each sequence.</p>\r
  15 <p>featureType&lt;tab&gt;colour<br>\r
  16   description&lt;tab&gt;sequenceId&lt;tab&gt;sequenceIndex&lt;tab&gt;start&lt;tab&gt;end&lt;tab&gt;featureType</p>\r
  17 <p>eg<br>\r
  18   <font size="3" face="Courier New, Courier, mono">domain red<br>\r
  19   metal ion-binding site 00ff00<br>\r
  20   transit peptide 0,105,215<br>\r
  21   chain 225,105,0<br>\r
  22   modified residue 105,225,35<br>\r
  23   signal peptide 0,155,165<br>\r
  24   Your Own description here FER_CAPAA -1 3 93 domain<br>\r
  25   Your Own description here FER_CAPAN -1 48 144 chain<br>\r
  26   Your Own description here FER_CAPAN -1 50 140 domain<br>\r
  27   Your Own description here FER_CAPAN -1 136 136 modified residue<br>\r
  28   Your Own description here FER1_LYCES -1 1 47 transit peptide<br>\r
  29   Your Own description here Q93XJ9_SOLTU -1 1 48 signal peptide<br>\r
  30   Your Own description here Q93XJ9_SOLTU -1 49 144 chain</font></p>\r
  31 <p>An additional option in Jalview 2.08 is to group features in the following \r
  32   way: </p>\r
  33 <p><font size="3" face="Georgia, Times New Roman, Times, serif">STARTGROUP&lt;tab&gt;My feature groupA<br>\r
  34   ....Many Feature descriptions here<br>\r
  35   ENDGROUP&lt;tab&gt;My feature groupA</font><br>\r
  36 </p>\r
  37 </body>\r
  38 </html>\r