help/html/features/featuresettings.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong></p>
   7 <p>Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry
   8 in an alignment window to open the feature settings dialog box, which
   9 allows you to precisely control the presence and appearance of sequence
  10 features for the current alignment.</p>
  11 <center><img src="featureSettings.gif" width="351" height="350">
  12 <br>
  13 Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img></center>
  14 <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  15 groups, along with a tickbox for each that controls whether its features
  16 are displayed. The table in the middle lists all the features in the
  17 currently selected groups, along with their display colour and whether
  18 they are currently being displayed (only the ticked features and groups
  19 are displayed). <strong><em>You can change the colour used
  20 for a feature in the associated alignment by clicking on its colour box.</em></strong></p>
  21 <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
  22 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
  23 allows you to sort the alignment or current selection using that feature
  24 type (see below), or create a feature colourscheme based on either the
  25 scores associated with that feature or from the feature's description
  26 (e.g. to distinguish different names associated with a DOMAIN feature).</p>
  27 <p><strong>Ordering alignment by features</strong><br>
  28 The 'Order by Score' and 'Order by Density' buttons will order the
  29 alignment based on the average score or total number of currently active
  30 features and groups on each sequence.<br>
  31 <em>Feature sorting and colour feature by score and description was
  32 introduced in jalview 2.4.1</em></p>
  33
  34 <p><strong>Transparency and Feature Ordering</strong></p>
  35 <p>It is important to realise that sequence features are often not
  36 distinct and often overlap (for example, a metal binding site feature
  37 may be attached to one position along a stretch of sequence marked with
  38 a secondary structure feature).</p>
  39 <p>The ordering of the sequence features in the dialog box list is
  40 the order used by jalview for rendering sequence features. A feature at
  41 the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher up in
  42 the list.<br>
  43 <em><strong>You can change the order of a feature by
  44 dragging it up and down the list with the mouse</strong></em>.</p>
  45 <p>The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently
  46 only available in the application) will re-order the feature render
  47 ordering based on the average length of each feature type.</p>
  48 <p>The <strong><em>transparency slider setting</em></strong>
  49 (currently only available in the application version) controls the
  50 visibility of features rendered below other features. Reducing the
  51 transparency will mean that features at the top of the list can obscure
  52 features lower down, and increasing it allows the user to 'see through'
  53 the upper layers of a set of features.</p>
  54 <p><strong><em>You can save all features, with their
  55 current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong></p>
  56 </body>
  57 </html>