help/html/features/hiddenRegions.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Hidden Regions</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Hidden Regions</strong></p>
   7 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
   8 columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
   9 &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  10 &quot;Control H&quot;.</p>
  11 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
  12 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  13 -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  14 Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence
  15 Ids.</p>
  16 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or
  17 web service alignments performed on visible sequences.</p>
  18 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  19 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
  20 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
  21 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
  22 performed on the visible group representative will be propogated to all
  23 the sequences in that group. <br>
  24 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
  25 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
  26 <p><strong><em>Hidden Sequence Representatives and
  27 Multiple Views</em></strong><br>
  28 <em>A word of warning: hidden representative sequence groups are
  29 only partly implemented in the jalview 2.2 release, and the following
  30 issues will be resolved in the future.</em><br>
  31 Currently, represented hidden groups are only made correctly if there is
  32 just one alignment view. When multiple views on an alignment exist, then
  33 the represented group will be displayed correctly in the view in which
  34 it was made, but in other views, both representative and hidden
  35 sequences will be visible, but will behave as if they are grouped. <br>
  36 Hidden representatives are propagated correctly to a new view if they
  37 exist in the current view. However, if the represented sequences are
  38 revealed in any one view, then in all other views they will simply be
  39 marked as hidden, and their association with the representative sequence
  40 will be lost.<br>
  41 </blockquote>
  42 </p>
  43 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  44 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  45 -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  46 a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  47 available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  48 Columns&quot;</strong>.</p>
  49 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  50 constraints apply:
  51 <ul>
  52         <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  53         you cannot move residues across a hidden column boundary.</li>
  54         <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  55         <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  56         alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
  57         calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
  58         the alignment.</li>
  59         <li><a href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence
  60         Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
  61         and concatenated with the hidden regions to form the final result.
  62         </p>
  63         </li>
  64 </ul>
  65 <p><strong>Column Separability</strong><br>
  66 Calculations where hidden columns are excluded, and a single analysis
  67 performed on the result, are termed <em>column-separable</em>. The
  68 simple Tree and PCA calculations are column separable because
  69 essentially the same results would be obtained if the excluded hidden
  70 columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  71 <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
  72 are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden regions
  73 leads to only 'locally optimal' results - sometimes different to that
  74 obtained when using the full alignment.</p>
  75 <p>&nbsp;</p>
  76 <p>&nbsp;</p>
  77 <p>&nbsp;</p>
  78 </body>
  79 </html>