help/html/features/hiddenRegions.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Hidden Regions</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Hidden Regions</strong></p>
   7 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
   8 columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
   9 &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  10 &quot;Control H&quot;.</p>
  11 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
  12 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  13 -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  14 Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence
  15 Ids.</p>
  16 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or
  17 web service alignments performed on visible sequences.</p>
  18 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  19 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
  20 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
  21 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
  22 performed on the visible group representative will be propogated to all
  23 the sequences in that group. <br>
  24 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
  25 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
  26 <br>
  27 <blockquote><em><strong>Warning:</strong>hidden
  28 representative sequence groups are only partly implemented in the
  29 jalview 2.2 release. When a hidden representative group is created in
  30 one alignment view, it will be propagated to all other views. Similarly,
  31 revealing the represented sequences in one view will reveal them in all
  32 other views. This will be resolved in a future Jalview release. </em></blockquote>
  33 </p>
  34 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  35 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  36 -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  37 a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  38 available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  39 Columns&quot;</strong>.</p>
  40 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  41 constraints apply:
  42 <ul>
  43         <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  44         you cannot move residues across a hidden column boundary.</li>
  45         <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  46         <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  47         alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
  48         calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
  49         the alignment.</li>
  50         <li><a href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence
  51         Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
  52         and concatenated with the hidden regions to form the final result.
  53         </p>
  54         </li>
  55 </ul>
  56 <p><strong>Column Separability</strong><br>
  57 Calculations where hidden columns are excluded, and a single analysis
  58 performed on the result, are termed <em>column-separable</em>. The
  59 simple Tree and PCA calculations are column separable because
  60 essentially the same results would be obtained if the excluded hidden
  61 columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  62 <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
  63 are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden regions
  64 leads to only 'locally optimal' results - sometimes different to that
  65 obtained when using the full alignment.</p>
  66 <p>&nbsp;</p>
  67 <p>&nbsp;</p>
  68 <p>&nbsp;</p>
  69 </body>
  70 </html>