help/html/features/hiddenRegions.html

   1 <html>
   2 <head><title>Hidden Regions</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Hidden Regions</strong> </p>
   5 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected columns and sequences.
   6   To hide / reveal only selected sequences, use &quot;Shift H&quot;, to hide /
   7   reveal only selected columns, use &quot;Control H&quot;.</p>
   8 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
   9 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  10   -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  11   Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence Ids.
  12 </p>
  13 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or web service
  14   alignments performed on visible sequences. </p>
  15 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  16 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then selecting
  17   <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with SequenceId&quot;</strong>. Using this method
  18   of hiding sequences, any edits performed on the visible group representative
  19   will be propogated to all the sequences in that group. <br>
  20   The hidden representative sequences will not be used in any
  21   calculations or web service alignments (<em>nb. this may change in
  22   the future</em>)
  23 </p>
  24 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  25 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  26   -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within a region
  27   of selected columns in the scale above the alignment (only available in non
  28   wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide Columns&quot;</strong>. </p>
  29 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain constraints
  30 apply:<ul><li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em> you cannot move residues
  31   across a hidden column boundary.</li>
  32 <li><strong>Tree</strong>, <strong>pairwise alignment</strong> and <strong>PCA</strong> calculations will only be
  33 performed using the <em>visible</em> parts of the alignment.
  34 </li>
  35 <li><a
  36   href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence
  37   Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of
  38   the input, and concatenated with the hidden regions to form the
  39   final result.</p>
  40 </li>
  41 </ul>
  42 <p><strong>Column Separability</strong><br>Calculations where hidden columns are
  43   excluded, and a single analysis performed on the result, are termed <em>column-separable</em>.
  44   The simple Tree and PCA calculations are column separable because essentially the same results
  45   would be obtained if the excluded hidden columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  46   <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction are both non-column-separable, and
  47   so the exclusion of hidden regions leads to only 'locally optimal' results - sometimes
  48   different to that obtained when using the full alignment.</p>
  49 <p>&nbsp;</p>
  50 <p>&nbsp;</p>
  51 <p>&nbsp;</p>
  52 </body>
  53 </html>