help/html/features/hiddenRegions.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Hidden Regions</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Hidden Regions</strong> </p>\r
   5 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected columns and sequences. \r
   6   To hide / reveal only selected sequences, use &quot;Shift H&quot;, to hide / \r
   7   reveal only selected columns, use &quot;Control H&quot;.</p>\r
   8 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>\r
   9 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View \r
  10   -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide \r
  11   Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence Ids. \r
  12 </p>\r
  13 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or web service \r
  14   alignments performed on visible sequences. </p>\r
  15 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>\r
  16 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then selecting \r
  17   <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with SequenceId&quot;</strong>. Using this method \r
  18   of hiding sequences, any edits performed on the visible group representative \r
  19   will be propogated to all the sequences in that group. <br>\r
  20   The hidden representative sequences will not be used in any\r
  21   calculations or web service alignments (<em>nb. this may change in\r
  22   the future</em>)\r
  23 </p>\r
  24 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>\r
  25 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View \r
  26   -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within a region \r
  27   of selected columns in the scale above the alignment (only available in non \r
  28   wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide Columns&quot;</strong>. </p>\r
  29 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain constraints\r
  30 apply:<ul><li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em> you cannot move residues \r
  31   across a hidden column boundary.</li>\r
  32 <li><strong>Tree</strong>, <strong>pairwise alignment</strong> and <strong>PCA</strong> calculations will only be\r
  33 performed using the <em>visible</em> parts of the alignment.\r
  34 </li>\r
  35 <li><a\r
  36   href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence\r
  37   Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of\r
  38   the input, and concatenated with the hidden regions to form the\r
  39   final result.</p>\r
  40 </li>\r
  41 </ul>\r
  42 <p>The analysis and web service calculations where hidden columns are\r
  43   excluded are termed <em>column-separable</em>. Calculations which\r
  44   are not column-separable will be performed on the whole alignmnent\r
  45   or sequence set, not just the visible regions.</p>\r
  46 <p>&nbsp;</p>\r
  47 <p>&nbsp;</p>\r
  48 <p>&nbsp;</p>\r
  49 </body>\r
  50 </html>\r