help/html/features/hiddenRegions.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Hidden Regions</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Hidden Regions</strong> </p>\r
   5 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected columns and sequences. \r
   6   To hide / reveal only selected sequences, use &quot;Shift H&quot;, to hide / \r
   7   reveal only selected columns, use &quot;Control H&quot;.</p>\r
   8 <p>&nbsp;</p>\r
   9 <p>To <strong>hide selected sequences </strong>from an alignment, use the &quot;View \r
  10   -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot; menu item or simply select &quot;Hide \r
  11   Sequences&quot; from the Popup menu after a right click on the sequence Ids. \r
  12 </p>\r
  13 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or web service \r
  14   alignments performed on visible sequences. </p>\r
  15 <p>A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then selecting \r
  16   &quot;SequenceID -&gt; Represent Group with SequenceId&quot;. Using this method \r
  17   of hiding sequences, any edits performed on the visible group representative \r
  18   will be propogated to all the sequences in that group. <br>\r
  19   The hidden sequences will not be used in any calculations or web service alignments. \r
  20 </p>\r
  21 <p>&nbsp;</p>\r
  22 <p>To <strong>hide selected columns</strong> from an alignment, use the &quot;View \r
  23   -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot; menu item, or right click within a region \r
  24   of selected columns in the scale above the alignment (only available in non \r
  25   wrapped mode) and select &quot;Hide Columns&quot;. </p>\r
  26 <p>Hidden columns will not be used in any calculations. This allows you to eg. \r
  27   create trees from the visible alignment and ignore any poorly aligned sections \r
  28   of the alignment, without cutting and deleting them permanently from your alignment.<br>\r
  29   It is possible to retrieve the input data to any trees, PCA analysis windows \r
  30   which were created from alignments containing hidden columns by using the &quot;File \r
  31   -&gt; Input Data...&quot; menu item from the tree window. </p>\r
  32 <p> Editing the alignment is bound by the hidden columns, ie you cannot move residues \r
  33   across a hidden column boundary.</p>\r
  34 <p>Any web service alignments performed on sequences which contain hidden columns \r
  35   send the alignment as a series of chunks delimited by the hidden columns. </p>\r
  36 <p>&nbsp;</p>\r
  37 <p>&nbsp;</p>\r
  38 <p>&nbsp;</p>\r
  39 </body>\r
  40 </html>\r