help/html/features/jalarchive.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Jalview Archives</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26
  27   <p>
  28     <strong>Jalview Project Archives</strong>
  29   </p>
  30
  31   <p>These are java archives of an XML file containing alignments,
  32     trees and Jalview display information. A data exchange standard is
  33     currently being developed, so there is no stable schema yet, but
  34     Jalview web services will soon make use of the same interchange
  35     format.</p>
  36   <p>
  37     For those who want to know...<br> Jalview uses java classes
  38     automatically created using <a href="http://www.castor.org">Castor</a>.
  39     Jalview 2.08 uses descriptor classes which significantly increase
  40     the speed of marshalling / unmarshalling java objects into XML.
  41     Files created prior to Jalview 2.08 can still be read in, but they
  42     will be saved in the new format.
  43   </p>
  44 </body>
  45 </html>