JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Jalview Archives</title>
24 </head>
25 <body>
26
27   <p>
28     <strong>Jalview Project Archives</strong>
29   </p>
30
31   <p>These are java archives of an XML file containing alignments,
32     trees and Jalview display information. A data exchange standard is
33     currently being developed, so there is no stable schema yet, but
34     Jalview web services will soon make use of the same interchange
35     format.</p>
36   <p>
37     For those who want to know...<br> Jalview uses java classes
38     automatically created using <a href="http://www.castor.org">Castor</a>.
39     Jalview 2.08 uses descriptor classes which significantly increase
40     the speed of marshalling / unmarshalling java objects into XML.
41     Files created prior to Jalview 2.08 can still be read in, but they
42     will be saved in the new format.
43   </p>
44 </body>
45 </html>