help/html/features/multipleViews.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Multiple Alignment Views</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Multiple Alignment Views</strong></p>
  41 <p>Multiple alignment views allows the same alignment to be viewed
  42 independently in many different ways simultaneously. Each view is an
  43 independent visualization of the same alignment, so each may have a
  44 different ordering, colouring, row and column hiding and seuqence
  45 feature and annotation display setting, but alignment, feature and
  46 annotation edits are common to all, since this affects the underlying
  47 data.</p>
  48 <p>Create a new view using the <strong>&quot;View&#8594;New
  49 View&quot;</strong> menu item, or by pressing <strong>Control+T</strong>. A newly
  50 created view will be identical to the view it was created from, but any
  51 changes to the way the alignment is coloured or displayed will only
  52 affect the new view.</p>
  53 <!--  TODO sharing selections between views -->
  54 <p>A particular view may focus on some specific aspect of an
  55 alignment - for example, hiding all but the region of an alignment
  56 containing a particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's
  57 tab opens the View Name dialog box, allowing it to be renamed to
  58 something more meaningful.</p>
  59 <p><strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong></p>
  60 <p>Multiple views of an alignment are, by default, gathered together
  61 as tabs within a single alignment window. They can be viewed
  62 simultanously by pressing <strong>X</strong> (or via <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>)
  63 to expand each view into its own linked alignment window. Expanded views
  64 are gathered back into into a single tabbed alignment window by pressing
  65 <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>).
  66 </p>
  67 <p><strong>Hidden Sequence Representatives and Multiple
  68 Views</strong></p>
  69 <p>There are some unexpected interactions between hidden sequence
  70 representatives and their display in multiple views. See the
  71 corresponding entry in the <a href="hiddenRegions.html">documentation
  72 for hidden regions</a>.</p>
  73 <p><strong>Structure and Analysis Viewers and Multiple
  74 Views</strong></p>
  75 <p>A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
  76 default associated with just that view. However, the <a
  77         href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a> <strong>&quot;View&#8594;Associate
  78 leaves&quot;</strong> submenu allows a tree's view association to be changed to
  79 to any or all other views.</p>
  80 <p>The results of a <a href="../calculations/pca.html">PCA
  81 calculation</a> on a particular view may also be associated with other
  82 views, using the PCA Viewer's <strong>&quot;View&#8594;Associate
  83 Nodes&quot;</strong> submenu.</p>
  84 <p><a href="jmol.html">PDB Structure Viewers</a>
  85 opened on a structure associated with a sequence in a particular view are now (as of Jalview 2.3) associated with the same sequence in all views. This means that when 'Colour by Sequence' is selected in the structure view, the colour will be updated to the colours given in the view with the current input focus.
  86 <!--
  87  also, by default, only be associated
  88 with the sequence as it is displayed in that view. The
  89 &quot;View&#8594;Associate View&quot; submenu allows the association of
  90 alternative views.</p> -->
  91 <p><em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em></p>
  92 </body>
  93 </html>