help/html/features/multipleViews.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Multiple Alignment Views</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Multiple Alignment Views<strong></p>
   7 <p>Multiple alignment views allow's the same alignment to be viewed in
   8 many different ways, either as multiple alignment tabs, or simultaneously in
   9 linked alignment windows. A view is an independent visualization of
  10 the same alignment, so each may have a different ordering, colouring,
  11 row and column hiding and seuqence feature and annotation display
  12 setting, but alignment, feature and annotation edits are common to
  13 all, since this affects the underlying data.
  14 </p>
  15 <p>
  16 A new view is created using the <strong>&quot;View&#8594;New View&quot;</strong> menu item, or by pressing
  17 <strong>Control+T</strong>. A newly created view will be identical to
  18 the view it was created from, but any changes to the way the alignment
  19 is coloured or displayed will only affect the new view.
  20 </p>
  21 <p>A particular view may focus on some specific aspect of an alignment -
  22 for example, hiding all but the region of an alignment containing a
  23 particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's tab opens
  24 the View Name dialog box, allowing it to be renamed to something more
  25 meaningful.
  26 </p>
  27 <p><strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong></p>
  28 <p>Multiple views of an alignment are, by default, gathered together as tabs
  29 within a single alignment window. They can be viewed simultanously by
  30 pressing <strong>X</strong> (or via
  31 <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>) to expand each view
  32 into its own linked alignment window. Expanded views are gathered
  33 back into into a single tabbed alignment window by pressing
  34 <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>).
  35 </p>
  36 <p><strong>Tree Viewers and Multiple Views</strong></p>
  37 <p>A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
  38 default associated with just that view. However, the <a
  39 href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a>
  40 <strong>&quot;View&#8594;Associate leaves&quot;</strong> submenu
  41 allows a tree's view association to be changed to to any or all other
  42 views.</p>
  43 <p><em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em></p></body>
  44 </html>