2.2 documentation
[jalview.git] / help / html / features / multipleViews.html
1 <html>
2 <head>
3 <title>Multiple Alignment Views</title>
4 </head>
5 <body>
6 <p><strong>Multiple Alignment Views<strong></p>
7 <p>Multiple alignment views allow's the same alignment to be viewed
8 in many different ways, either as multiple alignment tabs, or
9 simultaneously in linked alignment windows. A view is an independent
10 visualization of the same alignment, so each may have a different
11 ordering, colouring, row and column hiding and seuqence feature and
12 annotation display setting, but alignment, feature and annotation edits
13 are common to all, since this affects the underlying data.</p>
14 <p>A new view is created using the <strong>&quot;View&#8594;New
15 View&quot;</strong> menu item, or by pressing <strong>Control+T</strong>. A newly
16 created view will be identical to the view it was created from, but any
17 changes to the way the alignment is coloured or displayed will only
18 affect the new view.</p>
19 <p>A particular view may focus on some specific aspect of an
20 alignment - for example, hiding all but the region of an alignment
21 containing a particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's
22 tab opens the View Name dialog box, allowing it to be renamed to
23 something more meaningful.</p>
24 <p><strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong></p>
25 <p>Multiple views of an alignment are, by default, gathered together
26 as tabs within a single alignment window. They can be viewed
27 simultanously by pressing <strong>X</strong> (or via <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>)
28 to expand each view into its own linked alignment window. Expanded views
29 are gathered back into into a single tabbed alignment window by pressing
30 <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>).
31 </p>
32 <p><strong>Tree Viewers, PCA Viewers, and Multiple Views</strong></p>
33 <p>A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
34 default associated with just that view. However, the <a
35         href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a> <strong>&quot;View&#8594;Associate
36 leaves&quot;</strong> submenu allows a tree's view association to be changed to
37 to any or all other views.</p>
38 <p>The results of a <a href="../calculations/pca.html">PCA calculation</a> on a particular view
39 may also be associated with other views, using the <strong>&quot;Associate
40 Nodes&quot;</strong> submenu.</p>
41 <p><em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em></p>
42 </body>
43 </html>