JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <title>New Key Strokes and Menus</title>
23 <body>
24   <strong>New Key Strokes and Menus</strong>
25   <p>
26     Many new <a href="../keys.html">keyboard shortcuts</a> have been
27     added in Jalview 2.2 to make editing, selecting and navigating an
28     alignment even easier. The selection commands in the <strong>Edit</strong>
29     menu, and the alignment formatting controls within the <strong>View</strong>
30     menu have also been moved into their own respective <strong>Select</strong>
31     and <strong>Format</strong> menus.
32   </p>
33   <p>Some of the more important new keystrokes are shown below :
34   <ul>
35     <li><strong>Page Up</strong> and <strong>Page Down</strong>
36       scrolls through the alignment view.</li>
37     <li><strong>Control I</strong> inverts the currently selected
38       sequence set, and <strong>Control Alt I</strong> will invert the
39       currently selected set of columns.
40     <li><strong>Control V</strong> will paste the contents of the
41       clipboard to the current alignment window, and <strong>Control
42         Shift V</strong> pastes the data to a new window.</li>
43     <li><strong>Control O</strong> opens the file browser for
44       loading a new alignment or Jalview archive.</li>
45     <li><strong>Control S</strong> saves the alignment with the
46       current filename and format, and <strong>Control Shift S</strong>
47       opens the <strong>Save As...</strong> dialog box.</li>
48     <li><strong>Control T</strong> creates a new alignment view,
49       and <strong>Control W</strong> closes the current view, or if none
50       remain, then the whole alignment.</li>
51     <li><strong>Control E</strong> will remove gapped columns in
52       the alignment.</li>
53     <li><strong>Control D</strong> opens the <strong>Remove
54         Redundancy</strong> dialog box.</li>
55   </ul>
56   </p>
57 </body>
58 </html>