help/html/features/pdbviewer.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewer</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The Jalview internal PDB Viewer</strong><br> Since
  28     Jalview 2.3, the <a href="jmol.html">Jmol PDB Viewer</a> is the main
  29     method for <a href="viewingpdbs.html">viewing PDB structures</a>.
  30     The documentation below concerns the original Jalview PDB viewer,
  31     which is only used in situations where Jmol is unavailable or cannot
  32     operate.
  33   </p>
  34   <p>
  35     <strong>The PDB Viewer Window</strong>
  36   <p>
  37     This interactive structure viewing window is opened by selecting
  38     entries from the <strong>&quot;Structure&#8594;&quot;</strong>
  39     submenu of the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id
  40       pop-up menu</a>. The internal PDB viewer is not able to show
  41     superpositions, so no other options are provided. Structures can
  42     only be viewed for sequences which have an <a
  43       href="viewingpdbs.html"
  44     >associated PDB structure</a>, and the PDB Viewer will only be
  45     associated with the particular alignment view from which it was
  46     opened.
  47   </p>
  48   <p>
  49     <strong>Controls</strong>
  50   </p>
  51   <p>The structure is rendered as an alpha-carbon trace. Moving the
  52     mouse over the structure brings up tooltips with a residue name and
  53     PDB sequence position. If a mapping exists to a residue in the
  54     associated sequence, then this will be highlighted in the associated
  55     view in its alignment window, and vice versa for viewing the
  56     coordinates associated with a particular residue in the sequence in
  57     a particular view on the alignment.</p>
  58   <p>Selecting a residue highlights its associated sequence residue
  59     and alpha carbon location.</p>
  60   <p>
  61   <table>
  62     <tr>
  63       <td><strong>Action</strong></td>
  64       <td><strong>Windows</strong></td>
  65       <td><strong>Unix</strong></td>
  66       <td><strong>Mac/OSX</strong></td>
  67     </tr>
  68     <tr>
  69       <td>Select/<br> Deselect<br> Residue
  70       </td>
  71       <td>Left Click</td>
  72       <td>Left Click</td>
  73       <td>Click</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td>Rotate View</td>
  77       <td>Left Click and Drag</td>
  78       <td>Left Click and Drag</td>
  79       <td>Click and Drag</td>
  80     </tr>
  81     <tr>
  82       <td>Roll View</td>
  83       <td>Right Click and drag</td>
  84       <td>Right Click and Drag</td>
  85       <td>TODO</td>
  86     </tr>
  87     <tr>
  88       <td>Move Origin</td>
  89       <td>Middle-Button and Drag</td>
  90       <td>Middle-Button and Drag</td>
  91       <td>TODO</td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td>Zoom In</td>
  95       <td>Up Arrow</td>
  96       <td>Up Arrow</td>
  97       <td>Up Arrow</td>
  98     </tr>
  99     <tr>
 100       <td>Zoom Out</td>
 101       <td>Down Arrow</td>
 102       <td>Down Arrow</td>
 103       <td>Down Arrow</td>
 104     </tr>
 105   </table>
 106   </p>
 107   <p>There are three menus:
 108   <ul>
 109     <li><Strong>File<br>
 110     </strong>
 111       <ul>
 112         <li><strong>Save As<br>
 113         </strong><em>Saves the current view as an EPS or PNG file.</em></li>
 114         <li><strong>View Mapping<br>
 115         </strong><em> Opens a text window showing the alignment between the
 116             residues corresponding to alpha-carbon atoms in the PDB
 117             structure and the residues in the associated sequence.</em></li>
 118       </ul></li>
 119     <li><strong>Colours<br>
 120     </strong>
 121       <ul>
 122         <li><strong>By Sequence<br>
 123         </strong><em> Colours each residue in the structure with the colour
 124             of its corresponding residue in the associated sequence as
 125             rendered in the associated alignment view, including any
 126             Uniprot sequence features or region colourings.<br>
 127             Residues which only exist in the PDB structure are coloured
 128             white if they are insertions (relative to the associated
 129             sequence in the alignment) and grey if they are N or C
 130             terminal flanks outside the region mapped to the alignment
 131             window's sequence.
 132         </em></li>
 133         <li><strong>By Chain<br>
 134         </strong><em> Assigns a random colour to each PDB chain.</em>
 135         <li><strong>Charge &amp; Cysteine<br>
 136         </strong><em> Highlights cysteines in yellow, anionic (Aspartic Acid
 137             or Glutamic Acid) residues in red, and cationic (Lysine or
 138             Arginine) residues in blue.</em></li>
 139         <li><strong><em>Standard and User Defined
 140               Jalview colourschemes.<br>
 141           </em></strong> The remaining entries apply the colourschemes available from
 142           the standard and user defined <a
 143           href="../colourSchemes/index.html"
 144         >amino acid colours</a>.</em></li>
 145       </ul></li>
 146     <li><strong>View<br>
 147     </strong><em> These options can be turned off to improve performance
 148         when viewing large structures, some at the expense of visual
 149         clarity.</em>
 150       <ul>
 151         <li><strong>Wireframe<br>
 152         </strong><em> Draws thin lines rather than thick lines for the
 153             alpha-carbon trace.</em></li>
 154         <li><strong>Depthcue<br>
 155         </strong><em>Shades the structure so parts of the structure near the
 156             front of the view are brighter than those further away.</em></li>
 157         <li><strong>Z Buffering<br>
 158         </strong><em> Applies depth sorting to correctly render occluded
 159             regions of the backbone trace.</em></li>
 160         <li><strong>Show All Chains<br>
 161         </strong><em> When turned on, shows all chains in the PDB file, not
 162             just the one associated with a sequence in the alignment
 163             window.</em></li>
 164         <!--  NOT YET IMPLEMENTED <li><strong>Associate View</strong><br>
 165                 Change which view on the associated sequence's alignment is to be
 166                 associated with the PDB viewer.-->
 167       </ul></li>
 168   </ul>
 169   </p>
 170   <p>
 171     <strong>Notes for PDB Viewing in the Jalview Applet</strong>
 172   <p>The applet can only load PDB files by copying and pasting the
 173     text into the popup window which appears when &quot;Show PDB
 174     Structure&quot; is selected after right clicking on a sequence name.</p>
 175 </body>
 176 </html>