help/html/features/pdbviewer.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>PDB Viewer</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>The Jalview internal PDB Viewer</strong><br>
   7 Since Jalview 2.3, the <a href="jmol.html">Jmol PDB Viewer</a> is
   8 the main method for <a href="viewingpdbs.html">viewing PDB
   9 structures</a>. The documentation below concerns the original Jalview
  10 PDB viewer, which is only used in situations where Jmol is unavailable
  11 or cannot operate.</p>
  12 <p><strong>The PDB Viewer Window</strong>
  13 <p>This interactive structure viewing window is opened by selecting
  14 the <strong>&quot;Sequence&#8594;View PDB entry:&quot;</strong> entry in
  15 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a>. This
  16 can only be done for sequences which have an <a href="viewingpdbs.html">associated
  17 PDB structure</a>, and the PDB Viewer will only be associated with the
  18 particular alignment view from which it was opened.</p>
  19 <p><strong>Controls</strong></p>
  20 <p>The structure is rendered as an alpha-carbon trace. Moving the
  21 mouse over the structure brings up tooltips with a residue name and PDB
  22 sequence position. If a mapping exists to a residue in the associated
  23 sequence, then this will be highlighted in the associated view in its
  24 alignment window, and vice versa for viewing the coordinates associated
  25 with a particular residue in the sequence in a particular view on the
  26 alignment.</p>
  27 <p>Selecting a residue highlights its associated sequence residue
  28 and alpha carbon location.</p>
  29 <p>
  30 <table>
  31         <tr>
  32                 <td><strong>Action</strong></td>
  33                 <td><strong>Windows</strong></td>
  34                 <td><strong>Unix</strong></td>
  35                 <td><strong>Mac/OSX</strong></td>
  36         </tr>
  37         <tr>
  38                 <td>Select/<br>
  39                 Deselect<br>
  40                 Residue</td>
  41                 <td>Left Click</td>
  42                 <td>Left Click</td>
  43                 <td>Click</td>
  44         </tr>
  45         <tr>
  46                 <td>Rotate View</td>
  47                 <td>Left Click and Drag</td>
  48                 <td>Left Click and Drag</td>
  49                 <td>Click and Drag</td>
  50         </tr>
  51         <tr>
  52                 <td>Roll View</td>
  53                 <td>Right Click and drag</td>
  54                 <td>Right Click and Drag</td>
  55                 <td>TODO</td>
  56         </tr>
  57         <tr>
  58                 <td>Move Origin</td>
  59                 <td>Middle-Button and Drag</td>
  60                 <td>Middle-Button and Drag</td>
  61                 <td>TODO</td>
  62         </tr>
  63         <tr>
  64                 <td>Zoom In</td>
  65                 <td>Up Arrow</td>
  66                 <td>Up Arrow</td>
  67                 <td>Up Arrow</td>
  68         </tr>
  69         <tr>
  70                 <td>Zoom Out</td>
  71                 <td>Down Arrow</td>
  72                 <td>Down Arrow</td>
  73                 <td>Down Arrow</td>
  74         </tr>
  75 </table>
  76 </p>
  77 <p>There are three menus:
  78 <ul>
  79         <li><Strong>File<br>
  80         </strong>
  81         <ul>
  82                 <li><strong>Save As<br>
  83                 </strong><em>Saves the current view as an EPS or PNG file.</em></li>
  84                 <li><strong>View Mapping<br>
  85                 </strong><em> Opens a text window showing the alignment between the
  86                 residues corresponding to alpha-carbon atoms in the PDB structure and
  87                 the residues in the associated sequence.</em></li>
  88         </ul>
  89         </li>
  90         <li><strong>Colours<br>
  91         </strong>
  92         <ul>
  93                 <li><strong>By Sequence<br>
  94                 </strong><em> Colours each residue in the structure with the colour of its
  95                 corresponding residue in the associated sequence as rendered in the
  96                 associated alignment view, including any Uniprot sequence features or
  97                 region colourings.<br>
  98                 Residues which only exist in the PDB structure are coloured white if
  99                 they are insertions (relative to the associated sequence in the
 100                 alignment) and grey if they are N or C terminal flanks outside the
 101                 region mapped to the alignment window's sequence.</em></li>
 102                 <li><strong>By Chain<br>
 103                 </strong><em> Assigns a random colour to each PDB chain.</em>
 104                 <li><strong>Charge &amp; Cysteine<br>
 105                 </strong><em> Highlights cysteines in yellow, anionic (Aspartic Acid or
 106                 Glutamic Acid) residues in red, and cationic (Lysine or Arginine)
 107                 residues in blue.</em></li>
 108                 <li><strong><em>Standard and User Defined Jalview
 109                 colourschemes.<br>
 110                 </em></strong> The remaining entries apply the colourschemes available from the
 111                 standard and user defined <a href="../colourSchemes/index.html">amino
 112                 acid colours</a>.</em></li>
 113         </ul>
 114         </li>
 115         <li><strong>View<br>
 116         </strong><em> These options can be turned off to improve performance when
 117         viewing large structures, some at the expense of visual clarity.</em>
 118         <ul>
 119                 <li><strong>Wireframe<br>
 120                 </strong><em> Draws thin lines rather than thick lines for the
 121                 alpha-carbon trace.</em></li>
 122                 <li><strong>Depthcue<br>
 123                 </strong><em>Shades the structure so parts of the structure near the front
 124                 of the view are brighter than those further away.</em></li>
 125                 <li><strong>Z Buffering<br>
 126                 </strong><em> Applies depth sorting to correctly render occluded regions
 127                 of the backbone trace.</em></li>
 128                 <li><strong>Show All Chains<br>
 129                 </strong><em> When turned on, shows all chains in the PDB file, not just
 130                 the one associated with a sequence in the alignment window.</em></li>
 131                 <!--  NOT YET IMPLEMENTED <li><strong>Associate View</strong><br>
 132                 Change which view on the associated sequence's alignment is to be
 133                 associated with the PDB viewer.-->
 134         </ul>
 135         </li>
 136 </ul>
 137 </p>
 138 <p><strong>Notes for PDB Viewing in the Jalview Applet</strong>
 139 <p>The applet can only load PDB files by copying and pasting the
 140 text into the popup window which appears when &quot;Show PDB
 141 Structure&quot; is selected after right clicking on a sequence name.</p>
 142 </body>
 143 </html>