help/html/features/preferences.html

   1 <html>\r
   2 \r
   3 <head><title>Preferences</title></head>\r
   4 \r
   5 <body>\r
   6 <p><strong>Preferences</strong></p>\r
   7 <p>There are four tabs in the Preferences dialog box: \r
   8 <ul>\r
   9   <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong> Preferences</a> \r
  10     tab allows you to configure the default display for a new alignment window. \r
  11   </li>\r
  12   <li>The <a\r
  13   href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong> Preferences</a> \r
  14     tab allows you to change the links made from Jalview to your default web browser. \r
  15   </li>\r
  16   <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong> Preferences</a> \r
  17     tab contains settings affecting the export of sequence alignments and EPS \r
  18     files. </li>\r
  19   <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong> Preferences</a> \r
  20     tab contains settings affecting the export of sequence alignments and EPS \r
  21     files.</li>\r
  22   <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;DAS Settings&quot;</strong> Preferences</a> \r
  23     tab allows you to select which DAS sources to use when fetching DAS Features.</li>\r
  24 </ul>\r
  25 </p>\r
  26 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>\r
  27 <p><em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment window will stretch \r
  28   to fit the available space.</p>\r
  29 <p><em>Show Overview Window</em> - When this is selected, the <a\r
  30   href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened by\r
  31   default for a new alignment window.</p>\r
  32 <p><em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window will display an annotation \r
  33   panel below the sequences. This annotation panel may have several rows describing \r
  34   the whole alignment. The 3 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em> \r
  35   may be shown or hidden by default.</p>\r
  36 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display the name of a sequence \r
  37   plus the start and end residues in the format name/start-end. If not selected, \r
  38   the displayed ID will be the name of the sequence.</p>\r
  39 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set for a new \r
  40   alignment window. </p>\r
  41 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster rendering \r
  42   of the alignment.</p>\r
  43 <p><em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment windows in wrapped \r
  44   mode or not.</p>\r
  45 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>\r
  46 <p><em>Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment window. If \r
  47   the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last User Defined Colour \r
  48   loaded or saved via the User Defined Colours panel will be loaded. </p>\r
  49 <p><em>Sort by</em> - When the alignment is loaded in, it will can be sorted by \r
  50   Id or pairwise identity.</p>\r
  51 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default alignment file will \r
  52   be opened when Jalview is started. You can change the default file by clicking \r
  53   on file name and either typing in the file path or selecting it from the file \r
  54   chooser window. </p>\r
  55 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot; Preferences tab</strong></a></p>\r
  56 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>\r
  57   Right click a sequence id to see a popup menu with &quot;Link&quot; as one of \r
  58   the items. By default the item &quot;SRS&quot; is added to this link menu. This \r
  59   link will show a web page in your default browser with the selected sequence \r
  60   id as part of the URL.<br>\r
  61   Jalview allows you to add your own custom links to other web pages. Click new \r
  62   to add a new link. You can name the link, this will be displayed on a new menu \r
  63   item under the &quot;Link&quot; menu when you right click on a sequence id. \r
  64   <br>\r
  65   You must enter $SEQUENCE_ID$ within your URL. This will be replaced by the chosen \r
  66   sequence id when you click on it. </p>\r
  67 <p>eg.<br>\r
  68   UniRef100 = http://www.ebi.uniprot.org/uniprot-srv/uniRefView.do?proteinAc=$SEQUENCE_ID$&amp;library=uniref100<br>\r
  69   Swissprot = http://www.expasy.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$</p>\r
  70 <p><em>Default Browser (Unix)</em><br>\r
  71   Its difficult in Java to detect the default web browser for Unix users. If Jalview \r
  72   can't find your default web browser, enter the name or full path to your web \r
  73   browser application. </p>\r
  74 <p><em>Proxy Server</em><br>\r
  75   If you normally use a proxy server for using the internet, you must tick the \r
  76   box &quot;Use a Proxy Server&quot; and enter the address and port details as \r
  77   necessary. Web Services will not work if you are using a proxy server and do \r
  78   not enter the settings here.</p>\r
  79 <p><a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a></p>\r
  80 <p><em>EPS Rendering Style</em><br>\r
  81 This is a selection box which allows the \r
  82   user to set a default rendering style for EPS export: \r
  83 <ul><li>&quot;Lineart&quot;<br>EPS files will accurately\r
  84 reproduce the alignment view in Jalview and all characters will be\r
  85 converted into line art. Files generated in this way are large and are\r
  86 not easily editable, but have no font table dependencies.</li>\r
  87 <li>&quot;Text&quot;<br>EPS files will be a mixture of text and\r
  88 lineart. This produces compact files that can be edited easily in\r
  89 programs like Microsoft Word and Adobe Illustrator, but can be\r
  90 problematic if the fonts available to jalview are not accessible by\r
  91 the program reading the EPS file.\r
  92 <li>&quot;Prompt each time&quot;<br>Choose this to be asked select between Lineart and Text each time you make an EPS file.</li>\r
  93 </ul>\r
  94 </p>\r
  95 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>\r
  96   The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If these \r
  97   are ticked, then Jalview will write files with the start and end sequence positions \r
  98   appended to each sequence id:\r
  99 <pre>\r
 100   >ID/1-10\r
 101   AACDEAAFEA\r
 102 </pre>\r
 103 <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the sequence limits \r
 104   will not be appended to the sequence id. </p>\r
 105 </p>\r
 106 <p><em>Use Modeller Output</em></p>\r
 107 <p>This option only applies to PIR format output. Jalview\r
 108   automatically reads PIR files with sequence descriptions compatible\r
 109   with the program <a\r
 110   href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>.\r
 111   If this option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will write Modeller style PIR\r
 112   files</a> with correct start/end numbering and PDB file association (if\r
 113   available). The Jalview id/start-end option is ignored if Modeller output is selected.\r
 114 <p><a name="editing"><strong>Editing Preferences tab</strong></a></p>\r
 115 <p>There are currently 2 options available which can be selected / deselected. \r
 116 </p>\r
 117 <p><em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be useful to \r
 118   deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents lengthy \r
 119   calculations which are performed after each sequence edit. New alignment windows \r
 120   will have their &quot;Autocalculate Consensus&quot; option set according to \r
 121   this setting. </p>\r
 122 <p><em>Pad gaps when editing</em> - New alignment windows will &quot;Pad Gaps&quot; \r
 123   according to this setting.</p>\r
 124 <p><a name="editing"><strong>DAS Settings </strong></a></p>\r
 125 <p>See <a href="dassettings.html">DAS Settings</a></p>\r
 126 <p>&nbsp;</p>\r
 127 <p>&nbsp;</p>\r
 128 </body>\r
 129 </html>\r