help/html/features/search.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Search</title>\r
   3 <style type="text/css">\r
   4 <!--\r
   5 td {\r
   6         text-align: center;\r
   7 }\r
   8 -->\r
   9 </style>\r
  10 </head>\r
  11 \r
  12 <body>\r
  13 <p><strong>Search</strong></p>\r
  14 <p>The search box is displayed by pressing Control and F or\r
  15   selecting &quot;Find...&quot; from the &quot;Search&quot; menu.</p>\r
  16 <img src="search.gif">\r
  17 <p>&quot;Find next&quot; will find the next occurence of the specified\r
  18   and adjust the alignment window view to show it, and &quot;Find\r
  19   all&quot; highlights all matches for a pattern. The &quot;Create new\r
  20   group&quot; is a quick way to highlight and group residues matching\r
  21   the specified search pattern throughout the alignment.</p> \r
  22 <ul>\r
  23 <li>The search uses regular expressions. (understands a mixture of\r
  24   posix and perl style regex - see below for a summary)</li>\r
  25 <li>Gaps are ignored when matching the query to the sequences in the\r
  26   alignment.</li>\r
  27 <li>The search is applied to both sequences and their IDs but the &quot;Find next&quot;\r
  28   and &quot;Find all&quot; buttons only count the sequence matches.</li>\r
  29   <li>If a region is selected, then search will <strong>only</strong>\r
  30   be performed on that region. </li>\r
  31   <li>To quickly clear the current selection, press the &quot;Escape&quot; key.</li>\r
  32 </ul>\r
  33 <p><strong>A quick Regular Expression Guide</strong></p>\r
  34 <p>A regular expression is not just a simple text query - although it\r
  35 can be used like one, the query is not parsed literally, but\r
  36 interpreted like a series of instructions defining the features of the\r
  37 match. For example, a simple query like &quot;ACDED&quot; would\r
  38 match all occurences of that string, but &quot;ACD+ED&quot; matches\r
  39 both 'ACDDED' and 'ACDDDDDDDDED'. More usefully, the query\r
  40 &quot;[ILGVMA]{;5,}&quot; would find stretches of small,\r
  41 hydrophobic amino acids of at least five residues in length.\r
  42 </p>\r
  43 <p> The table\r
  44 below describes some of the regular expression syntax:<br></p>\r
  45 <table width="100%" border="1">\r
  46   <tr>\r
  47     <td width="24%">Regular Expression Element</td>\r
  48     <td width="76%">Effect</td>\r
  49   </tr>\r
  50   <tr>\r
  51     <td width="24%">.</td>\r
  52     <td width="76%">Matches any single character</td>\r
  53   </tr>\r
  54   <tr>\r
  55     <td>[]</td>\r
  56     <td>Matches any one of the characters in the brackets</td>\r
  57   </tr>\r
  58   <tr>\r
  59     <td>^</td>\r
  60     <td>Matches at the start of an ID or sequence</td>\r
  61   </tr>\r
  62   <tr>\r
  63     <td>$</td>\r
  64     <td>Matches at the end of an ID or sequence</td>\r
  65   </tr>\r
  66   <tr>\r
  67     <td>*</td>\r
  68     <td>Matches if the preceding element matches zero or more times</td>\r
  69   </tr>\r
  70   <tr>\r
  71     <td>?</td>\r
  72     <td>Matches if the preceding element matched once or not at all</td>\r
  73   </tr>\r
  74   <tr>\r
  75     <td>+</td>\r
  76     <td>Matches if the preceding element matched at least once</td>\r
  77   </tr>\r
  78   <tr>\r
  79     <td>{count}</td>\r
  80     <td>Matches if the preceding element matches a specified number of\r
  81     times\r
  82     </td>\r
  83   </tr>\r
  84   <tr>\r
  85     <td>{min,}</td>\r
  86     <td> Matches of the preceding element matched at least the\r
  87     specified number of times</td>\r
  88   </tr>\r
  89   <tr>\r
  90     <td>{min,max} </td>\r
  91     <td>Matches if the preceding element matches min or at most max\r
  92     number of times</td>\r
  93   </tr>\r
  94 </table>\r
  95 </body>\r
  96 </html>\r