help/html/features/search.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Search</title>\r
   3 <style type="text/css">\r
   4 <!--\r
   5 td {\r
   6         text-align: center;\r
   7 }\r
   8 -->\r
   9 </style>\r
  10 </head>\r
  11 \r
  12 <body>\r
  13 <p><strong>Search</strong></p>\r
  14 <p>The search box is displayed by pressing Control and F or\r
  15   selecting &quot;Find...&quot; from the &quot;Search&quot; menu.</p>\r
  16 <img src="search.gif" width="339" height="111">\r
  17 <p>&quot;Find next&quot; will find the next occurence of the specified and adjust \r
  18   the alignment window view to show it, and &quot;Find all&quot; highlights all \r
  19   matches for a pattern. The &quot;New Feature&quot; is a quick way to highlight \r
  20   and group residues matching the specified search pattern throughout the alignment. \r
  21   If &quot;New Feature&quot; is selected, the feature can be given a name from \r
  22   a popup input box. Use the &quot;Feature Settings&quot; under the &quot;View&quot; \r
  23   menu to change the visibility and colour of the new sequence feature.</p> \r
  24 <ul>\r
  25 <li>The search uses regular expressions. (understands a mixture of\r
  26   posix and perl style regex - see below for a summary)</li>\r
  27 <li>Gaps are ignored when matching the query to the sequences in the\r
  28   alignment.</li>\r
  29 <li>The search is applied to both sequences and their IDs but the &quot;Find next&quot;\r
  30   and &quot;Find all&quot; buttons only count the sequence matches.</li>\r
  31   <li>If a region is selected, then search will <strong>only</strong>\r
  32   be performed on that region. </li>\r
  33   <li>To quickly clear the current selection, press the &quot;Escape&quot; key.</li>\r
  34 </ul>\r
  35 <p><strong>A quick Regular Expression Guide</strong></p>\r
  36 <p>A regular expression is not just a simple text query - although it\r
  37 can be used like one, the query is not parsed literally, but\r
  38 interpreted like a series of instructions defining the features of the\r
  39 match. For example, a simple query like &quot;ACDED&quot; would\r
  40 match all occurences of that string, but &quot;ACD+ED&quot; matches\r
  41 both 'ACDDED' and 'ACDDDDDDDDED'. More usefully, the query\r
  42 &quot;[ILGVMA]{;5,}&quot; would find stretches of small,\r
  43 hydrophobic amino acids of at least five residues in length.\r
  44 </p>\r
  45 <p> The table\r
  46 below describes some of the regular expression syntax:<br></p>\r
  47 <table width="100%" border="1">\r
  48   <tr>\r
  49     <td width="24%">Regular Expression Element</td>\r
  50     <td width="76%">Effect</td>\r
  51   </tr>\r
  52   <tr>\r
  53     <td width="24%">.</td>\r
  54     <td width="76%">Matches any single character</td>\r
  55   </tr>\r
  56   <tr>\r
  57     <td>[]</td>\r
  58     <td>Matches any one of the characters in the brackets</td>\r
  59   </tr>\r
  60   <tr>\r
  61     <td>^</td>\r
  62     <td>Matches at the start of an ID or sequence</td>\r
  63   </tr>\r
  64   <tr>\r
  65     <td>$</td>\r
  66     <td>Matches at the end of an ID or sequence</td>\r
  67   </tr>\r
  68   <tr>\r
  69     <td>*</td>\r
  70     <td>Matches if the preceding element matches zero or more times</td>\r
  71   </tr>\r
  72   <tr>\r
  73     <td>?</td>\r
  74     <td>Matches if the preceding element matched once or not at all</td>\r
  75   </tr>\r
  76   <tr>\r
  77     <td>+</td>\r
  78     <td>Matches if the preceding element matched at least once</td>\r
  79   </tr>\r
  80   <tr>\r
  81     <td>{count}</td>\r
  82     <td>Matches if the preceding element matches a specified number of\r
  83     times\r
  84     </td>\r
  85   </tr>\r
  86   <tr>\r
  87     <td>{min,}</td>\r
  88     <td> Matches of the preceding element matched at least the\r
  89     specified number of times</td>\r
  90   </tr>\r
  91   <tr>\r
  92     <td>{min,max} </td>\r
  93     <td>Matches if the preceding element matches min or at most max\r
  94     number of times</td>\r
  95   </tr>\r
  96 </table>\r
  97 </body>\r
  98 </html>\r