JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
[jalview.git] / help / html / features / seqfeatures.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Sequence Features</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Sequence Features</strong>
28   </p>
29   <p>
30     Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of
31     sequence features - which may be retrieved from database records
32     (such as UniProt), the result of <a href="search.html">sequence
33       motif searches</a> or simply read from a <a href="featuresFormat.html">sequence
34       features file</a>. You can also <a href="creatinFeatures.html">create
35       features</a> from the results of searches or the current selection,
36     and <a href="editingFeatures.html">edit features</a> by double
37     clicking on them.
38   </p>
39   <p>
40     <strong>Sequence Feature Colouring Styles</strong>
41   </p>
42   <p>
43     By default, Jalview will assign a color to each feature based on its
44     type. These colours can be changed from the <a
45       href="featuresettings.html">feature settings</a> and <a
46       href="editingFeatures.html">amend features</a> dialog boxes. Since
47     Jalview 2.5, it is also possible to define <a
48       href="featureschemes.html">feature colourschemes</a> to shade
49     features based on their associated scores or text labels.
50   </p>
51   <p>
52     <strong>Sequence Feature Groups</strong>
53   </p>
54   <p>
55     Since Jalview 2.08, sequence features assigned to a sequence can be
56     organised into groups, which may indicate that the features were all
57     retrieved from the same database (such as UniProt features), or
58     generated by the same analysis process (as might be specified in a <a
59       href="featuresFormat.html">sequence features file</a>).
60   </p>
61   <p>
62     <strong>Sequence Feature Inheritance</strong>
63   </p>
64   <p>
65     Since Jalview 2.08, sequence features are <em>global</em> to a set
66     of sequences appearing (independently or together) in many different
67     alignments. Practically, this means features loaded onto one
68     alignment can be viewed in any alignments involving the same
69     sequences. The same sequence appears in different alignments when a
70     new alignment is generated by submitting an existing set of
71     sequences to one of the alignment or prediction web services, and
72     when sequences are copied and pasted into other alignment windows.
73   </p>
74   <p>
75     <strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong>
76   </p>
77   <p>Toggle the display of sequence features in this alignment. If
78     feature retrieval has not already been carried out, then Jalview
79     will automatically try to fetch sequence features (as described
80     below).</p>
81   <p>
82     <strong>View&#8594;Sequence Feature Settings...</strong>
83   </p>
84   <p>
85     Once sequence features have been loaded, their display can be fully
86     controlled using the alignment window's <a
87       href="featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a>
88     dialog box. Feature colour schemes and display parameters are unique
89     to a particular alignment, so it is possible to colour the same
90     sequence features differently in different alignment views.<br>
91     Since Jalview 2.1, it is possible to add <a href="dassettings.html">DAS
92       features</a> to an alignment via the DAS tabbed pane of the feature
93     settings window.
94   </p>
95   <p>
96     <strong>View&#8594;Sequence ID Tooltip&#8594;Show
97       Non-Positional features</strong><br> <em>Only available in
98       application</em></br>
99   </p>
100   <p>Toggles the display of non-positional features in the sequence
101     ID tooltip, and whether they will be included when sequence features
102     are exported using &quot;File&#8594;Export Features&quot;.</p>
103   <p>
104     Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from
105     the command line, drag and drop, or from the &quot;File&#8594;Load
106     Features / Annotations&quot; menu item. See the <a
107       href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for more
108     details.
109   </p>
110 </body>
111 </html>