help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Sequence Features</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>View&#8594;Sequence Features</strong></p>\r
   5 <p>When this option is selected, sequence features extracted from the\r
   6   <a href="http://www.ebi.uniprot.org/">Uniprot</a> record for each\r
   7   sequence are displayed on the alignment.</p>\r
   8 <p>Currently, sequence features are rendered in red or blue, dependent\r
   9   upon their type:</p><ul>\r
  10   <li>Features associated with a particular residue are coloured\r
  11   red<br><em>e.g. an active site residue</em></li>\r
  12   <li>Features which span a region are coloured blue<br>\r
  13 <em>e.g. a region of sequence with known structure</em>\r
  14 </li>\r
  15 </ul></p>\r
  16 <p>More information about the feature is given in a tooltip, which is\r
  17   viewed by moving the mouse pointer over a sequence feature. The\r
  18   description associated with the feature will then be displayed in a small\r
  19   label near the pointer.</p>\r
  20 <p>After the Sequence Features option is selected, there may be some delay before\r
  21   the features are actually rendered, as jalview first determines if\r
  22   the sequences are contained in Uniprot and then retrieves any sequence\r
  23   records. This delay will normally only happen once for a particular\r
  24   set of sequences, as jalview caches uniprot records in a file in your home\r
  25   directory called '.jalview.uniprot.xml'.\r
  26 \r
  27   <p><strong>The Sequence Identification Process</strong>\r
  28 \r
  29   </p>\r
  30 <p>The first step in the procedure for matching uniprot IDs to\r
  31   sequences is to use the ID (name) of\r
  32   each sequence to retrieve Uniprot records directly.</p>\r
  33 <p>\r
  34   If a uniprot record (or set of records) is found for a sequence,\r
  35   then the sequence is aligned to the one in the Uniprot record\r
  36   to determine the correct start and end residue positions (which are\r
  37   displayed when the 'Show Full Sequence ID' option is set).\r
  38 </p>\r
  39 \r
  40 <p>If the alignment reveals differences between the sequence in the\r
  41   alignment and the one in the record, then Jalview will assume that\r
  42   the aligned sequence is not the one in the uniprot record.\r
  43 \r
  44   </p>\r
  45 \r
  46   <p> \r
  47   In some cases, the ID used to retrieve Uniprot records may be out of\r
  48   date and you will be notified of that a 100% match between the\r
  49   sequence and a Uniprot record was identified, but the sequence name\r
  50   must be manually changed (by right clicking on the sequence ID and selecting\r
  51   <strong>Sequence&#8594;Edit Name</strong>), before Jalview will show its sequence\r
  52   features.<ul>\r
  53   <li>remember to save your alignment if you have updated any of the\r
  54   sequence IDs!\r
  55   </li>\r
  56   </ul></p>\r
  57 </body>\r
  58 </html>\r