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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Sequence Features</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Sequence Features</strong></p>
  24 <p>Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of
  25 sequence features - which may be retrieved from database records (such
  26 as Uniprot), the result of <a href="search.html">sequence motif
  27 searches</a> or simply read from a <a href="featuresFormat.html">sequence
  28 features file</a>. You can also <a href="creatinFeatures.html">create
  29 features</a> from the results of searches or the current selection, and <a
  30         href="editingFeatures.html">edit features</a> by double clicking on
  31 them.</p>
  32 <p><strong>Sequence Feature Colouring Styles</strong></p>
  33 <p>By default, Jalview will assign a color to each feature based on
  34 its type. These colours can be changed from the <a
  35         href="featuresettings.html">feature settings</a> and <a
  36         href="editingFeatures.html">amend features</a> dialog boxes. Since
  37 Jalview 2.5, it is also possible to define <a href="featureschemes.html">feature
  38 colourschemes</a> to shade features based on their associated scores or text
  39 labels.</p>
  40 <p><strong>Sequence Feature Groups</strong></p>
  41 <p>Since Jalview 2.08, sequence features assigned to a sequence can
  42 be organised into groups, which may indicate that the features were all
  43 retrieved from the same database (such as Uniprot features), or
  44 generated by the same analysis process (as might be specified in a <a
  45         href="featuresFormat.html">sequence features file</a>).</p>
  46 <p><strong>Sequence Feature Inheritance</strong></p>
  47 <p>Since Jalview 2.08, sequence features are <em>global</em> to a
  48 set of sequences appearing (independently or together) in many different
  49 alignments. Practically, this means features loaded onto one alignment
  50 can be viewed in any alignments involving the same sequences. The same
  51 sequence appears in different alignments when a new alignment is
  52 generated by submitting an existing set of sequences to one of the
  53 alignment or prediction web services, and when sequences are copied and
  54 pasted into other alignment windows.</p>
  55 <p><strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong></p>
  56 <p>Toggle the display of sequence features in this alignment. If
  57 feature retrieval has not already been carried out, then Jalview will
  58 automatically try to fetch sequence features (as described below).</p>
  59 <p><strong>View&#8594;Sequence Feature Settings...</strong></p>
  60 <p>Once sequence features have been loaded, their display can be
  61 fully controlled using the alignment window's <a
  62         href="featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a> dialog box.
  63 Feature colour schemes and display parameters are unique to a particular
  64 alignment, so it is possible to colour the same sequence features
  65 differently in different alignment views.<br>
  66 Since Jalview 2.1, it is possible to add <a href="dassettings.html">DAS
  67 features</a> to an alignment via the DAS tabbed pane of the feature settings
  68 window.</p>
  69 <p><strong>View&#8594;Sequence ID Tooltip&#8594;Show
  70 Non-Positional features</strong><br>
  71 <em>Only available in application</em></br>
  72 </p>
  73 <p>Toggles the display of non-positional features in the sequence ID
  74 tooltip, and whether they will be included when sequence features are
  75 exported using &quot;File&#8594;Export Features&quot;.</p>
  76 <p>Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from
  77 the command line, drag and drop, or from the &quot;File&#8594;Load
  78 Features / Annotations&quot; menu item. See the <a
  79         href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for more details.</p>
  80 </body>
  81 </html>