help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>
   2 <head><title>Sequence Features</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Sequence Features</strong></p>
   5 <p>Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of
   6 sequence features - which may be retrieved from database records (such
   7 as Uniprot), the result of <a href="search.html">sequence motif
   8 searches</a> or simply read from a <a
   9 href="featuresFormat.html">sequence features file</a>.</p>
  10 <p><strong>Sequence Feature Groups</strong></p>
  11 <p>Since Jalview 2.08, sequence features assigned to a sequence can be
  12 organised into groups, which may indicate that the features were all retrieved
  13 from the same database (such as Uniprot features), or generated by the
  14 same analysis process (as might be specified in a <a
  15 href="featuresFormat.html">sequence features file</a>).</p>
  16 <p><strong>Sequence Feature Inheritance</strong></p>
  17 <p>Since Jalview 2.08, sequence features are <em>global</em> to a set of
  18 sequences appearing (independently or together) in many different
  19 alignments. Practically, this means features loaded onto one alignment
  20 can be viewed in any alignments involving the same sequences. The same
  21 sequence appears in different alignments when a new alignment is
  22 generated by submitting an existing set of sequences to one of the
  23 alignment or prediction web services, and when sequences are copied
  24 and pasted into other alignment windows.</p>
  25 <p><strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong></p>
  26 <p>Toggle the display of sequence features in this alignment. If
  27 feature retrieval has not already been carried out, then Jalview will
  28 automatically try to fetch sequence features (as described below).</p>
  29 <p><strong>View&#8594;Sequence Feature Settings...</strong></p>
  30 <p>Once sequence features have been loaded, their display can be fully controlled
  31   using the alignment window's <a
  32   href="featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a> dialog box. Feature
  33   colour schemes and display parameters are unique to a particular alignment,
  34   so it is possible to colour the same sequence features differently in different
  35   alignment views.<br>
  36   Since Jalview 2.1, it is possible to add <a href="dassettings.html">DAS features</a>
  37   to an alignment via the DAS tabbed pane of the feature settings window. </p>
  38 <p><strong>View&#8594;Sequence ID Tooltip&#8594;Show Non-Positional features</strong><br>
  39   <em>Only available in application</em></br></p>
  40 <p>Toggles the display of non-positional features in the sequence ID tooltip,
  41   and whether they will be included when sequence features are exported using
  42   &quot;File&#8594;Export Features&quot;.</p>
  43 <p>Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from the command
  44   line, drag and drop, or from the &quot;File&#8594;Load Features / Annotations&quot;
  45   menu item. See the <a href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for
  46   more details.</p>
  47 </body>
  48 </html>