help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Fetcher</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Fetcher</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can retrieve sequences from certain databases using either
  31     the DBFetch service provided by the EMBL European Bioinformatics
  32     Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em>
  33     command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).
  34   </p>
  35   <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  36     alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box"
  37   >
  38   <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the
  39     &quot;File&quot; menu on the main desktop in order to retrieve
  40     sequences as a new alignment, or opened via the &quot;File&quot;
  41     menu of an existing alignment to import additional sequences. There
  42     may be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  43     whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources
  44     from the currently defined DAS server registry.</p>
  45   <p>
  46     First, <strong>select the database you want to retrieve
  47       sequences from</strong> by clicking the button labeled 'Select database
  48     retrieval source'. If a database source is already selected, then
  49     the button's label will change to show the currently selected
  50     database.
  51   </p>
  52   <img src="selectfetchdb.gif" align="left"
  53     alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)"
  54   >
  55   <p>Since Jalview 2.8, the available databases are shown as a tree
  56     in a popup dialog box. The databases are ordered alphabetically, and
  57     if there are many sources for the same type of sequence identifier,
  58     they will be grouped together in a sub-branch branch labeled with
  59     the identifier.</p>
  60   <p>
  61     Once you have selected the sequence database using the popup dialog
  62     box, <strong>enter one or more accession ids</strong> (as a
  63     semi-colon separated list), or press the &quot;Example&quot; button
  64     to paste the example accession for the currently selected database
  65     into the retrieval box. Finally, press &quot;OK&quot; to initiate
  66     the retrieval.
  67   </p>
  68   <p>
  69     <strong>Fetching from The PDB with the EMBL-EBI PDBe Search
  70       Interface</strong>
  71   </p>
  72   <p>
  73     Since Jalview 2.9, selecting PDB as the sequence database will open
  74     the <a href="pdbsequencefetcher.html">PDB Sequence Fetcher</a> for
  75     discovering and retrieving structures.
  76   </p>
  77   <p>
  78     <strong>Only retrieving part of a sequence</strong>
  79   </p>
  80   <p>
  81     DAS sources (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;) allow a
  82     range to be specified in addition to a sequence ID. To retrieve 50
  83     residues starting at position 35 in UNIPROT sequence P73137 using
  84     the UNIPROT DAS server, you would enter &quot;'P73137:35,84'.<br />
  85     <em>Full support for DAS range queries was introduced in
  86       Jalview 2.8</em>
  87   </p>
  88
  89   <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL,
  90     Uniprot, PFAM, and RFAM) in work for publication, please cite:</p>
  91   <p>
  92     Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate
  93     J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez
  94     R. <br> SOAP-based services provided by the European
  95     Bioinformatics Institute.<br> Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28
  96     (2005) <br> <br>
  97   </p>
  98 </body>
  99 </html>