help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Sequence Fetcher</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>\r
   5 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases via the\r
   6 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute.</p>\r
   7 <p>A Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; \r
   8   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new\r
   9   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment\r
  10   to import additional sequences.\r
  11 </p>\r
  12 <p>Select the database you want to retrieve sequences from, and enter\r
  13   the database id (or a semi-colon separated list of several ids) in\r
  14   the text box. Finally, press OK to initiate the retrieval.</p>\r
  15 <p>\r
  16   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve\r
  17   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB\r
  18   id. For example :<br><pre> 1GAQ:A</pre></p>\r
  19 <p>If you use the sequence fetcher in work for publication, please cite:</p>\r
  20 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar \r
  21   S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>\r
  22   SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>\r
  23   Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>\r
  24   <br>\r
  25 </p>\r
  26 </body>\r
  27 </html>\r