JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Mapping Between Different Sequences</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Mapping Between Different Sequences</strong>
28   </p>
29   <!--  TODO: review and check if this page is really needed -->
30   <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between
31     sequences in different domains, based on alignment, or by the use of
32     explicit mappings provided by databases.</p>
33   <p>
34     The most familiar mapping is the one used to identify the
35     coordinates corresponding to a displayed sequence when viewing a PDB
36     file associated with a sequence (see <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing
37       PDB Files&quot;</a> for more information.
38   </p>
39   <p>
40     The newest form of mapping supported by Jalview is the
41     correspondence between DNA and protein sequences. This mapping can
42     be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records
43     retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, and
44     allows sequence features to be mapped directly from UniProt das
45     sources to their coding region on EMBL sequence records.
46   </p>
47   <em><a href="siftsmapping.html">SIFTS Mapping</a> between PDB and
48     UniProt data was introduced in Jalview 2.10</em>
49 </body>
50 </html>