help/html/features/seqmappings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Mapping Between Different Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Mapping Between Different Sequences</strong>
  28   </p>
  29   <!--  TODO: review and check if this page is really needed -->
  30   <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between
  31     sequences in different domains, based on alignment, or by the use of
  32     explicit mappings provided by databases.</p>
  33   <p>
  34     The most familiar mapping is the one used to identify the
  35     coordinates corresponding to a displayed sequence when viewing a PDB
  36     file associated with a sequence (see <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing
  37       PDB Files&quot;</a> for more information.
  38   </p>
  39   <p>
  40     The newest form of mapping supported by Jalview is the
  41     correspondence between DNA and protein sequences. This mapping can
  42     be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records
  43     retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, and
  44     allows sequence features to be mapped directly from UniProt das
  45     sources to their coding region on EMBL sequence records.
  46   </p>
  47   <em><a href="siftsmapping.html">SIFTS Mapping</a> between PDB and
  48     UniProt data was introduced in Jalview 2.10</em>
  49 </body>
  50 </html>