JAL-2416 score matrix gap symbol (if any) dynamically determined
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1 <!DOCTYPE html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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22 <html>
23 <head>
24 <meta charset="UTF-8">
25 <title>SIFTS Mapping from UniProt for PDB Structures</title>
26 </head>
27 <body>
28
29   <p>
30     <strong>SIFTS Mapping for UniProt sequences and PDB
31       Structures</strong><br /> SIFTS (Structure Integration with Function,
32     Taxonomy and Sequences) is a database of residue-level mappings
33     between UniProt protein sequences, and protein structures found in
34     the PDB. The database is updated for each PDB release, and is
35     provided by the <a href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/">PDBe
36       at EMBL-EBI</a>.
37   </p>
38   <p>When Jalview imports PDB data for a protein sequence found in
39     UniProt, either via the 'View 3D Structure...' option, or the 'Fetch
40     DB Refs' web services menu, Jalview will also download its SIFTS
41     record and use that information to construct a mapping between the
42     sequence and downloaded structure.</p>
43   <p>If, for some reason, no SIFTS mapping data exists, then Jalview
44     will generate a mapping using the built-in Needleman and Wunsch
45     global alignment algorithm. This is how sequence-structure mappings
46     were created before version 2.10.</p>
47   <p>
48     <strong>Controlling and troubleshooting SIFTS mappings</strong> <br />
49     Configuration options controlling whether SIFTS mappings are used
50     can be found in the <strong>Tools &rarr; Preferences &rarr;
51       Structure tab</strong>, under 'Sequence &harr; Structure method'.<br /> <em>Note:</em>
52     Changing the configuration will only affect how new mappings are
53     created. In order to recompute mappings for structures already
54     loaded, please reload the sequence & structural data.
55   </p>
56
57   <p>
58     <strong>Multi-Chain Mappings</strong> <br />SIFTS gives Jalview the
59     ability to display multi-chain mappings between UniProt sequences
60     and PDB structure data. This is important when working with
61     multimeric proteins, when the biological assembly can contain
62     several structures for the same protein sequence. Multi-chain
63     mapping allows all residues in a structure to be located in the
64     alignment, and also, when shading the structure by sequence colours,
65     enables conservation patterns between oligomer interfaces to be
66     explored.
67   </p>
68   <p>To see this in action, Retrieve the UniProt sequence
69     FER1_MAIZE, and then view one of its structures: 3B2F. Mousing over
70     the sequence results to two positions being highlighted in the
71     structure, and colouring the alignment transfers the color to all
72     the mapped chains in the structure.</p>
73
74   <p>
75     <Strong>Viewing Mapping Output</Strong> <br /> The mapping provided
76     by the SIFTS record is accessible via <strong>File &rarr;
77       View mapping</strong> menu of the structure viewers. The screenshot below
78     shows the mapping created between UniProt sequence FER1_MAIZE and
79     proteins in PDB 3B2F, which reports mappings for two chains. The
80     mapping method is also reported (highlighted with red border).
81   <p>
82
83     &emsp;<img src="sifts_mapping_output.png" align="left"
84       alt="SIFTS mapping output" /> <br />
85   <p>
86     <em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.10</em>
87   </p>
88
89 </body>
90 </html>