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   1 <!DOCTYPE html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <html>
  23 <head>
  24 <meta charset="UTF-8">
  25 <title>SIFTS Mapping from UniProt for PDB Structures</title>
  26 </head>
  27 <body>
  28
  29   <p>
  30     <strong>SIFTS Mapping for UniProt sequences and PDB
  31       Structures</strong><br /> SIFTS (Structure Integration with Function,
  32     Taxonomy and Sequences) is a database of residue-level mappings
  33     between UniProt protein sequences, and protein structures found in
  34     the PDB. The database is updated for each PDB release, and is
  35     provided by the <a href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/">PDBe
  36       at EMBL-EBI</a>.
  37   </p>
  38   <p>When Jalview imports PDB data for a protein sequence found in
  39     UniProt, either via the 'View 3D Structure...' option, or the 'Fetch
  40     DB Refs' web services menu, Jalview will also download its SIFTS
  41     record and use that information to construct a mapping between the
  42     sequence and downloaded structure.</p>
  43   <p>If, for some reason, no SIFTS mapping data exists, then Jalview
  44     will generate a mapping using the built-in Needleman and Wunsch
  45     global alignment algorithm. This is how sequence-structure mappings
  46     were created before version 2.10.</p>
  47   <p>
  48     <strong>Controlling and troubleshooting SIFTS mappings</strong> <br />
  49     Configuration options controlling whether SIFTS mappings are used
  50     can be found in the <strong>Tools &rarr; Preferences &rarr;
  51       Structure tab</strong>, under 'Sequence &harr; Structure method'.<br /> <em>Note:</em>
  52     Changing the configuration will only affect how new mappings are
  53     created. In order to recompute mappings for structures already
  54     loaded, please reload the sequence & structural data.
  55   </p>
  56
  57   <p>
  58     <strong>Multi-Chain Mappings</strong> <br />SIFTS gives Jalview the
  59     ability to display multi-chain mappings between UniProt sequences
  60     and PDB structure data. This is important when working with
  61     multimeric proteins, when the biological assembly can contain
  62     several structures for the same protein sequence. Multi-chain
  63     mapping allows all residues in a structure to be located in the
  64     alignment, and also, when shading the structure by sequence colours,
  65     enables conservation patterns between oligomer interfaces to be
  66     explored.
  67   </p>
  68   <p>To see this in action, Retrieve the UniProt sequence
  69     FER1_MAIZE, and then view one of its structures: 3B2F. Mousing over
  70     the sequence results to two positions being highlighted in the
  71     structure, and colouring the alignment transfers the color to all
  72     the mapped chains in the structure.</p>
  73
  74   <p>
  75     <Strong>Viewing Mapping Output</Strong> <br /> The mapping provided
  76     by the SIFTS record is accessible via <strong>File &rarr;
  77       View mapping</strong> menu of the structure viewers. The screenshot below
  78     shows the mapping created between UniProt sequence FER1_MAIZE and
  79     proteins in PDB 3B2F, which reports mappings for two chains. The
  80     mapping method is also reported (highlighted with red border).
  81   <p>
  82
  83     &emsp;<img src="sifts_mapping_output.png" align="left"
  84       alt="SIFTS mapping output" /> <br />
  85   <p>
  86     <em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.10</em>
  87   </p>
  88
  89 </body>
  90 </html>