help/html/features/siftsmapping.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="UTF-8">
   5 <title>SIFTS Mapping</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8
   9   <p><strong>SIFTS Mapping</strong></p>
  10
  11   <p>
  12         SIFTS (Structure integration with function, taxonomy
  13         and sequences) provides an up-to-date resource for residue-level
  14         mapping between Uniprot and PDB entries. The information is updated and
  15         released weekly simultaneously with the release of new PDB entries.
  16         SIFTS Entries are published as XML files and made publicly available via an FTP
  17         site hosted at the European Bioinformatics Institute.
  18   </p>
  19
  20   <p>
  21     At the point of viewing a PDB structure, Jalview downloads a SIFTS file
  22         for the target entry and uses it to accurately map the sequence residues with the
  23         structure residue. Prior to SIFTS integration, Jalview uses Needleman and Wunsch
  24         Alignment algorithm to  map sequence residues to structure residues, and that may not
  25         always result to a correct mapping since it is computational determined.
  26   </p>
  27
  28   <p>
  29         The default method for 'Sequence &harr; Structure' mapping can be configured
  30         in the Structure tab in the <strong>Tools &rarr; Preferences</strong> dialog box. When 'SIFTS'
  31         is enabled as the default, all mappings between 'Sequence &harr; Structure' is
  32         performed via SIFTS provided that there is a valid SIFTS entry for PDB structure. If no
  33         valid SIFTS resource is available, then the 'Sequence &harr; Structure' mapping falls
  34         back to Needleman and Wunsch Alignment algorithm.
  35   </p>
  36
  37   <p>To verify the mapping method used, you can view the mapping output via the structure viewer menu <strong>File &rarr; View mapping.</strong> A sample mapping output can be seen in the screenshot below. The highlighted position shows the method used. </p>
  38   <p>
  39         <img src="sifts_mapping_output.png" align="left" alt="SIFTS mapping output" />
  40   </p>
  41
  42   <p><em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.9.1</em></p>
  43
  44 </body>
  45 </html>