help/html/features/siftsmapping.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="UTF-8">
   5 <title>SIFTS Mapping</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8
   9   <p><strong>SIFTS Mapping</strong></p>
  10
  11   <p>
  12         SIFTS (Structure Integration with Function, Taxonomy
  13         and Sequences) provides an up-to-date resource for residue-level
  14         mapping between Uniprot and PDB entries. The information is updated and
  15         released weekly simultaneously with the release of new PDB entries.
  16         SIFTS Entries are published as XML files and made publicly available via an FTP
  17         site hosted at the European Bioinformatics Institute.
  18   </p>
  19
  20   <p>
  21     At the point of viewing a PDB structure, if the default mapping method is set as 'SIFTS',
  22     Jalview will download a SIFTS file
  23         for the target entry and uses it to accurately map the sequence residues with the
  24         structure residue. Prior to SIFTS integration, Jalview uses Needleman and Wunsch
  25         Alignment algorithm to  map sequence residues to structure residues, and that may not
  26         always result to a correct mapping since it is computational determined.
  27   </p>
  28
  29   <p>
  30   <strong>Configuration</strong><br/>
  31         The default mapping method can be configured via <strong>Tools &rarr; Preferences &rarr;
  32         Structure tab</strong> Then scroll to the 'Sequence &harr; Structure method' section of
  33         the dialog box and change the default method. When 'SIFTS' is enabled as the default, all
  34         mappings between 'Sequence &harr; Structure' is performed via SIFTS provided that there
  35         is a valid SIFTS resource for the PDB entry. If no valid SIFTS resource is available, then
  36         the 'Sequence &harr; Structure' mapping falls back to Needleman and Wunsch Alignment algorithm.
  37   </p>
  38
  39   <p><strong>Multi-Chain Mappings</strong>
  40   <br/>One of the main merits of SIFTS is the ability to accurately achieve multi-chain mapping
  41   (one-to-many) between a single Uniprot sequence and its corresponding multiple chains in
  42   PDB. Consequently, mousing over the uniprot sequence in the alignment window results
  43   to highlighting multiple corresponding positions in the structure viewer for the mapped chains.
  44   </p>
  45   <p>
  46   To see this in action, load uniprot sequence for FER1_MAIZE then veiw PDB structure for 3B2F, you
  47   will notice that mousing over the sequence results to two positions being highlighted in the
  48   structure, also colouring the sequence transfers the color to all the mapped chains in the structure.
  49   </p>
  50
  51   <p>
  52   <Strong>Viewing Mapping Output</Strong> <br/>
  53   The mapping output is accessible via <strong>File &rarr; View mapping</strong> menu of the structure
  54   viewers. The screenshot below is the mapping output for the <Strong>{FER1_MAIZE &harr; 3B2F}</Strong>
  55   example described above. Observe that all the two chains were mapped. The mapping method used can be
  56   seen within the area highlighted with red boarder. This is useful for visually ascertaining the
  57   mapping method when in doubt.
  58   <p>
  59
  60         &emsp;<img src="sifts_mapping_output.png" align="left" alt="SIFTS mapping output" />
  61
  62
  63   <p><em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.9.1</em></p>
  64
  65 </body>
  66 </html>