help/html/features/splitView.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Split Frame Views</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Split Frame Views</strong></p>
  27 <p/></p>Coding DNA (cDNA) and its protein product can be displayed in a split view, with cDNA above and protein below. The two alignments are
  28 linked, with these features supported:
  29 <ul>
  30 <li>mouseover or scrolling of either alignment is followed by the other (unless you turn off <strong><a href="../menus/alwview.html">"View&#8594;Automatic Scrolling"</a></strong>)</li>
  31 <li>on selecting rows, columns or regions in one alignment, the corresponding selection is made in the other</li>
  32 <li>sequence ordering in one alignment (using the cursor, or <strong><a href="../calculate/sorting.html">"Calculate&#8594;Sort")</a></strong> is also applied to the other</li>
  33 <li>editing (gap insertion / deletion) in the protein alignment is reflected in the cDNA (but not vice versa)</li>
  34 <li>on <strong><a href="../calculations/tree.html">"Calculate Tree"</a></strong> in either alignment, grouping, colouring and sorting by tree are applied to both</li>
  35 <li>the <strong><a href="../menus/alwformat.html">"Format&#8594;Font"</a></strong> menu option has an option 'Scale protein residues to codons'; select this option to make each protein residue
  36 the same width as a DNA codon (so the alignments 'line up' vertically)</li>
  37 <li>menu option <strong>"View&#8594;Protein"</strong> (in the cDNA panel) or <strong>"View&#8594;Nucleotide"</strong> (in the protein panel) allows you to show or hide the complementary alignment</li>
  38 <li>you can adjust panel heights by dragging the divider between them using the mouse</li>
  39 <li>menu options <a href="menus/alwview.html"><strong>"View&#8594;New View / Expand Views / Gather Views"</strong></a> behave as for a normal alignment window, but always create new views
  40 as split frames</li>
  41 </ul>
  42 <p>An alignment annotation row on the protein alignment shows the <strong><a href="../calculations/consensus.html">cDNA consensus</a></strong> for each peptide column.<br/>
  43 This consensus may reveal variation in nucleotides coding for conserved protein residues.</p>
  44
  45 <p><strong>Opening a Split Frame View</strong></p>
  46 <p>A Split Frame View can be opened in one of the following ways:</p>
  47 <p><strong><em>Add Sequences</em></strong></p>
  48 <p>If you add (coding) DNA sequences to an open peptide alignment, or vice versa, <em>and</em> at least one DNA sequence translates to one of the
  49 peptide sequences, then the option to open in a split window is offered. The DNA may include start and/or stop codons, but no non-coding (intron)
  50 sequence.<br>
  51 If more than one cDNA variant is present in the alignment, Jalview will first try to match these to protein sequences based on any retrieved cross-references, and failing that, pairwise as they are ordered in the alignments.
  52
  53 <p>This option is available in Jalview Desktop (when adding sequences by any supported method), and Jalview applet (adding from textbox).
  54 The additional options below apply to Jalview Desktop only.</p>
  55
  56 <p><strong><em>Translate as cDNA</em></strong></p>
  57 <p>Menu option <strong><a href="../menus/alwcalculate.html">"Calculate&#8594;Translate as cDNA"</a></strong> is available for a nucleotide alignment. Selecting this option shows the DNA and its
  58 calculated protein product in a Split Frame view.</p>
  59
  60 <p><strong><em>Get Cross-References</em></strong></p>
  61 <p>Menu option <strong><a href="../menus/alwcalculate.html">"Calculate&#8594;Get Cross-References"</a></strong> is available for fetched sequences which have cross-references to other databases.
  62 On selecting protein cross-references (for a cDNA alignment), or DNA xrefs (for peptide), a Split Frame view is opened showing cDNA and peptide.</p>
  63
  64 <p><strong><em>Realign a Split View</em></strong></p>
  65   <p>If you invoke a web service to realign either half of a Split
  66     Frame, then the resulting realignment is displayed in a new Split
  67     Frame.
  68   </p>
  69   <ul>
  70     <li>the alignment you chose to realign (for example, peptide)
  71       is displayed as aligned by the external web service</li>
  72     <li>Jalview reconstructs the alignment of its complement (in
  73       this case, cDNA) by inserting gaps in the corresponding positions</li>
  74   </ul>
  75   <p><strong>Reconstructed Alignments</strong>
  76     Reconstructed alignments are typically <em>not</em>
  77     the same as the alignment produced by aligning the complement
  78     sequence set directly with the external service. However, in the
  79     case of protein alignments, a reconstructed cDNA alignment is often
  80     more reliable than one calculated without coding information.
  81     Reconstructed cDNA alignments are also more informative than the
  82     original protein alignment when calculating phylogenetic trees or
  83     performing other kinds of molecular evolution analysis.
  84   </p>
  85   <p>
  86                 <em>Split Frame Views were introduced in Jalview 2.9</em>
  87         </p>
  88 </body>
  89 </html>