help/html/features/splitView.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Split Frame Views</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Split Frame Views</strong></p>
  27 <p/></p>Coding DNA (cDNA) and its protein product can be displayed in a split view, with cDNA above and protein below. The two alignments are
  28 linked, with these features supported:
  29 <ul>
  30 <li>mouseover or scrolling of either alignment is followed by the other (unless you turn off <strong><a href="../menus/alwview.html">"View | Automatic Scrolling"</a></strong>)</li>
  31 <li>on selecting rows, columns or regions in one alignment, the corresponding selection is made in the other</li>
  32 <li>sequence ordering in one alignment (using the cursor, or <strong><a href="../calculate/sorting.html">"Calculate | Sort")</a></strong> is also applied to the other</li>
  33 <li>editing (gap insertion / deletion) in the protein alignment is reflected in the cDNA (but not vice versa)</li>
  34 <li>on <strong><a href="../calculations/tree.html">"Calculate Tree"</a></strong> in either alignment, grouping, colouring and sorting by tree are applied to both</li>
  35 <li>the <strong><a href="../menus/alwformat.html">"Format | Font"</a></strong> menu option has an option 'Scale protein residues to codons'; select this option to make each protein residue
  36 the same width as a DNA codon (so the alignments 'line up' vertically)</li>
  37 </ul>
  38 <p>An alignment annotation row on the protein alignment shows the <strong><a href="../calculations/consensus.html">cDNA consensus</a></strong> for each peptide column.<br/>
  39 This consensus may reveal variation in nucleotides coding for conserved protein residues.</p>
  40
  41 <p><strong>Opening a Split Frame View</strong></p>
  42 <p>A Split Frame View can be opened in one of the following ways:</p>
  43 <p><strong><em>Add Sequences</em></strong></p>
  44 <p>If you add (coding) DNA sequences to an open peptide alignment, or vice versa, <em>and</em> at least one DNA sequence translates to one of the
  45 peptide sequences, then the option to open in a split window is offered. The DNA may include start and/or stop codons, but no non-coding (intron)
  46 sequence.<br>
  47 If more than one cDNA variant is present in the alignment, Jalview will first try to match these to protein sequences based on any retrieved cross-references, and failing that, pairwise as they are ordered in the alignments.
  48
  49 <p>This option is available in Jalview Desktop (when adding sequences by any supported method), and Jalview applet (adding from textbox).
  50 The additional options below apply to Jalview Desktop only.</p>
  51
  52 <p><strong><em>Translate as cDNA</em></strong></p>
  53 <p>Menu option <strong><a href="../menus/alwcalculate.html">"Calculate | Translate as cDNA"</a></strong> is available for a nucleotide alignment. Selecting this option shows the DNA and its
  54 calculated protein product in a Split Frame view.</p>
  55
  56 <p><strong><em>Get Cross-References</em></strong></p>
  57 <p>Menu option <strong><a href="../menus/alwcalculate.html">"Calculate | Get Cross-References"</a></strong> is available for fetched sequences which have cross-references to other databases.
  58 On selecting protein cross-references (for a cDNA alignment), or DNA xrefs (for peptide), a Split Frame view is opened showing cDNA and peptide.</p>
  59
  60 <p><strong><em>Realign a Split View</em></strong></p>
  61 <p>If you invoke a web service to realign either half of a Split Frame, then the resulting realignment is displayed in a new
  62 Split Frame.</p>
  63 <ul>
  64 <li>the alignment you chose to realign (for example, peptide) is displayed as aligned by the external web service</li>
  65 <li>Jalview 'aligns' its complement (in this case, cDNA) similarly, by inserting corresponding gaps
  66     <ul>
  67     <li>NB this is <em>not</em> the same as aligning the complement using the external service, which may give different results</li>
  68     </ul>
  69 </li>
  70 </ul>
  71
  72
  73 <p><em>Split Frame Views were introduced in Jalview 2.9</em></p>
  74 </body>
  75 </html>