help/html/features/uniprotsequencefetcher.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The UniProt Free Text Search Interface</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26
  27   <strong>The UniProt Free Text Search Interface</strong>
  28   <br /> Since version 2.10 (October 2016), the Jalview Desktop
  29   provides a search interface for interactive discovery and retrieval of
  30   sequence data from UniProt. This dialog enables UniProt sequence
  31   metadata to be searched with free text and structured queries, which
  32   allows sequences to be located via gene name, keywords, or even
  33   <em>via</em> manual cross-referencing from UniProt or other
  34   bioinformatics websites.
  35   <p>
  36     To open the UniProt Sequence Fetcher, select UniProt as the database
  37     from any <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> dialog (opened
  38     <em>via</em> <strong>&quot;File &#8594;Fetch
  39       Sequences&quot;</strong>).
  40   </p>
  41   <p>
  42     <img src="uniprotseqfetcher.png" align="left"
  43       alt="UniProt sequence fetcher (introduced in Jalview 2.10)" />
  44   </p>
  45
  46   <p>
  47     <strong>Searching the UniProt Database</strong>
  48   </p>
  49   <p>
  50     To search UniProt, simply begin typing in the text box. After a
  51     short delay (about 1.5 seconds), results will be shown in the table
  52     below. You can sort results by clicking on the displayed columns,
  53     and select entries with the mouse or keyboard. Once you have
  54     selected one or more entries, hit the <strong>OK</strong> button to
  55     retrieve the sequences.
  56   </p>
  57   <ul>
  58     <li><strong>Searching a specific UniProt field </strong> To
  59       find sequences with particular UniProt metadata, you can select a
  60       field to search from the drop-down menu.</li>
  61
  62
  63     <li><strong>Bulk UniProt record retrieval</strong><br> To
  64       retrieve several uniprot accessions at once, first select <strong>UniProt
  65         ID</strong> from the dropdown menu, then paste in the accession IDs as a
  66       semi-colon separated list. (e.g. fila_human; mnt_human;
  67       mnt_mouse).<br />Hitting Return or OK will automatically fetch
  68       those IDs, like the default Sequence Fetcher interface.</li>
  69
  70     <li><strong><a name="text-search">Complex queries
  71           with the UniProt query Syntax</a></strong> The text box also allows complex
  72       queries to be entered. The table below provides a brief overview
  73       of the supported syntax (see <a href="uniprotqueryfields.html">query
  74         fields for UniProtKB</a>):
  75       <table border="1" width="95%">
  76         <tr>
  77           <td><code>human antigen</code></td>
  78           <td rowspan="3">All entries containing both terms.</td>
  79         </tr>
  80         <tr>
  81           <td><code>human AND antigen</code></td>
  82         </tr>
  83         <tr>
  84           <td><code>human &amp;&amp; antigen</code></td>
  85         </tr>
  86         <tr>
  87           <td><code>"human antigen"</code></td>
  88           <td>All entries containing both terms in the exact order.</td>
  89         </tr>
  90         <tr>
  91           <td><code>human -antigen</code></td>
  92           <td rowspan="3">All entries containing the term <code>human</code>
  93             but not <code>antigen</code>.
  94           </td>
  95         </tr>
  96         <tr>
  97           <td><code>human NOT antigen</code></td>
  98         </tr>
  99         <tr>
 100           <td><code>human ! antigen</code></td>
 101         </tr>
 102         <tr>
 103           <td><code>human OR mouse</code></td>
 104           <td rowspan="2">All entries containing either term.</td>
 105         </tr>
 106         <tr>
 107           <td><code>human || mouse</code></td>
 108         </tr>
 109         <tr>
 110           <td><code>antigen AND (human OR mouse)</code></td>
 111           <td>Using parentheses to override boolean precedence
 112             rules.</td>
 113         </tr>
 114         <tr>
 115           <td><code>anti*</code></td>
 116           <td>All entries containing terms starting with <code>anti</code>.
 117             Asterisks can also be used at the beginning and within
 118             terms. <strong>Note:</strong> Terms starting with an
 119             asterisk or a single letter followed by an asterisk can slow
 120             down queries considerably.
 121           </td>
 122         </tr>
 123         <tr>
 124           <td><code> author:Tiger*</code></td>
 125           <td>Citations that have an author whose name starts with
 126             <code>Tiger</code>. To search in a specific field of a
 127             dataset, you must prefix your search term with the field
 128             name and a colon. To discover what fields can be queried
 129             explicitly, observe the query hints that are shown after
 130             submitting a query or use the query builder (see below).
 131           </td>
 132         </tr>
 133         <tr>
 134           <td><code>length:[100 TO *]</code></td>
 135           <td>All entries with a sequence of at least 100 amino
 136             acids.</td>
 137         </tr>
 138         <tr>
 139           <td><code>citation:(author:Arai author:Chung)</code></td>
 140           <td>All entries with a publication that was coauthored by
 141             two specific authors.</td>
 142         </tr>
 143       </table></li>
 144   </ul>
 145   <p>
 146     <strong>Result pagination</strong>
 147   </p>
 148   The query results returned from the UniProt server are paginated for
 149   performance optimisation. The button labelled
 150   <strong>'&nbsp;&lt;&lt;&nbsp;'</strong> and
 151   <strong>'&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;'</strong> can be used to navigate to the
 152   next or previous result page respectively. The page range is shown on
 153   the title bar of the Free Text Search interface. Jalview's pagination
 154   implementation supports multiple selection of entries across multiple
 155   pages.
 156
 157
 158   <p>
 159     <strong>Customising The UniProt Sequence Fetcher</strong>
 160   </p>
 161   <p>To change the displayed meta-data in the search result, click
 162     the 'Customise Displayed Options' tab, and select the fields you'd
 163     like to be displayed or removed.</p>
 164   <p>
 165     <em>The UniProt Free Test Search Interface was introduced in
 166       Jalview 2.10.0</em>
 167   </p>
 168 </body>
 169 </html>