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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Viewing PDB Structures</strong>
  28   </p>
  29   Jalview can be used to view protein structures by following the steps
  30   below:
  31   <ol>
  32     <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option
  33       from a sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  34         menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure
  35         Chooser</a> dialog box.
  36       <ul>
  37         <li>If one or more structures exists for the given
  38           sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure
  39             Chooser</a> dialog will open with them listed in the results
  40           pane.
  41         </li>
  42         <li>However, if no structure was found, the <a
  43           href="structurechooser.html"
  44         >Structure Chooser</a> interface will present options for manual
  45           association of PDB structures.
  46         </li>
  47       </ul>
  48     </li>
  49     <li><strong>Selecting Structures</strong><br /> If structures
  50       have been discovered, then some will already be selected according
  51       to predefined selection criteria, such as structures with the
  52       highest resolution. Use the drop down menu to select structures
  53       according to different criteria, or, alternatively, choose
  54       structures manually by selecting with the keyboard and mouse.
  55       <ul>
  56         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If you
  57           have previously downloaded structures for your sequences, they
  58           can be viewed by selecting the <strong>Cached PDB
  59             Entries</strong> option from the drop down menu at the top of the
  60           dialog box.</li>
  61       </ul></li>
  62     <li>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  63       button.
  64     </li>
  65   </ol>
  66
  67   The
  68   <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  69   2.3. Jalview 2.8.2 included support for
  70   <a href="chimera.html">Chimera</a>, provided it is installed and can
  71   be launched by Jalview. The default viewer can be configured in the
  72   <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a> in the
  73   <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  74   <p>
  75     Structure data imported into Jalview can also be processed to
  76     display secondary structure and temperature factor annotation. See
  77     the <a href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page
  78     for more information.
  79   </p>
  80
  81   <p>
  82     If a <strong>single</strong> PDB structure is selected, one of the
  83     following will happen:
  84   </p>
  85
  86   <ul>
  87     <li>If no structures are open, then an interactive display of
  88       the structure will be opened in a new window.</li>
  89
  90     <li>If another structure is already shown for the current
  91       alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  92       href="jmol.html#align"
  93     >align this structure</a> to the structure in the existing view. (<em>new
  94         feature in Jalview 2.6</em>).
  95     </li>
  96
  97     <li>If the structure is already shown, then you will be
  98       prompted to associate the sequence with an existing view of the
  99       selected structure. This is useful when working with multi-domain
 100       or multi-chain PDB files.</li>
 101
 102     <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
 103     </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for
 104       more information about the display.
 105     </li>
 106   </ul>
 107
 108
 109   <p>
 110     <strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
 111     You can retrieve sequences from the PDB using the <a
 112       href="pdbsequencefetcher.html"
 113     >Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with this service are
 114     automatically associated with their source database entry. For PDB
 115     sequences, simply select PDB as the database and enter your known
 116     PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
 117     Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file
 118     as you would an alignment file. The sequences of any protein or
 119     nucleotide chains will be extracted from the file and viewed in the
 120     alignment window.
 121   </p>
 122
 123   <p>
 124     <strong>Associating a large number of PDB files to
 125       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
 126     with structure alignments that you will have a directory of PDB
 127     files, and an alignment involving one or more of the structures. If
 128     you drag a number of PDB files onto an alignment in the Jalview
 129     desktop, Jalview will give you the option of associating PDB files
 130     with sequences that have the same filename. This means, for example,
 131     you can automatically associate PDB files with names like '1gaq.pdb'
 132     with sequences that have an ID like '1gaq'. <br />
 133     <em>Note: This feature was added in Jalview 2.7</em>
 134   </p>
 135   <p>
 136     <em>Note for Jalview applet users:<br> Due to the applet
 137       security constraints, PDB Files can currently only be imported by
 138       cut and paste of the PDB file text into the text box opened by the
 139       'From File' entry of the structure menu.
 140     </em>
 141   </p>
 142
 143   <p>
 144     <strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 145     Sequences which have PDB entry or PDB file associations are
 146     annotated with sequence features from a group named with the
 147     associated PDB accession number or file name. Each feature gives the
 148     corresponding PDB Residue Number for each mapped residue in the
 149     sequence. The display of these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 150       Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 151       Settings dialog box</a>.
 152   </p>
 153
 154   <p>
 155     <em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 156         files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br> Structures
 157       imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
 158       highlighted or coloured when they are displayed in structure
 159       views, especially if they contain more than one PDB structure. See
 160       the bug report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for
 161       news on this problem.</em>
 162   </p>
 163 </body>
 164 </html>
 165