help/html/features/viewingpdbs.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Discovering and Viewing PDB Structures</strong>
  28   </p>
  29   Jalview can be used to explore the 3D structures of sequences in an
  30   alignment by following the steps below:
  31   <ol>
  32     <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option
  33       from a sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  34         menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure
  35         Chooser</a> dialog box.
  36       <ul>
  37         <li>If one or more structures exists for the given
  38           sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure
  39             Chooser</a> dialog will open with them listed in the results
  40           pane.
  41         </li>
  42         <li>However, if no structure was found, the <a
  43           href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> interface
  44           will present options for manual association of PDB structures.
  45         </li>
  46       </ul>
  47     </li>
  48     <li><strong>Selecting Structures</strong><br />You can select
  49       the structures that you want to open and view by selecting them
  50       with the mouse and keyboard.<br />By default, if structures were
  51       discovered, then some will already be selected according to the
  52       criteria shown in the drop-down menu. The default criteria is
  53       'highest resolution', simply choose another to pick structures in
  54       a different way.<br />
  55       <ul>
  56         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If
  57           previously downloaded structures are available for your
  58           sequences, the structure chooser will automatically offer them
  59           via the <strong>Cached PDB Entries</strong> view. If you wish
  60           to download new structures, select one of the PDBe selection
  61           criteria from the drop-down menu.</li>
  62       </ul></li>
  63     <li><strong>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  64         button.
  65     </strong><br />
  66       <ul>
  67         <li>Additional structure data will be downloaded with the
  68           EMBL-EBI's dbfetch service</li>
  69         <li><a href="siftsmapping.html">SIFTS</a> records will also
  70           be downloaded for mapping UniProt protein sequence data to PDB
  71           coordinates.</li>
  72         <li>A new structure viewer will open, or you will be
  73           prompted to add structures to existing viewers (see <a
  74           href="#afterviewbutton">below</a> for details).
  75         </li>
  76       </ul></li>
  77   </ol>
  78   <p>
  79   <strong>Structure Viewers in the Jalview Desktop</strong><br/>
  80   The
  81   <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  82   2.3. Jalview 2.8.2 included support for
  83   <a href="chimera.html">Chimera</a>, provided it is installed and can
  84   be launched by Jalview. The default viewer can be configured in the
  85   <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a> in the
  86   <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  87   <p>
  88     Structure data imported into Jalview can also be processed to
  89     display secondary structure and temperature factor annotation. See
  90     the <a href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page
  91     for more information.
  92   </p>
  93   <p>
  94     <strong><a name="afterviewbutton">After pressing the
  95         'View' button in the Structure Chooser</a></strong><br /> The behaviour of
  96     the 'View' button depends on the number of structures selected, and
  97     whether structure views already exist for the selected structures or
  98     aligned sequences.
  99   </p>
 100   <p>
 101     If multiple structures are selected, then Jalview will always create
 102     a new structure view. The selected structures will be imported into
 103     this view, and superposed with the matched positions from the
 104     aligned sequences.<br /> If a <strong>single</strong> PDB structure
 105     is selected, one of the following will happen:
 106   </p>
 107
 108   <ul>
 109     <li>If no structures are open, then an interactive display of
 110       the structure will be opened in a new window.</li>
 111
 112     <li>If another structure is already shown for the current
 113       alignment, then you will be asked if you want to add and <a
 114       href="jmol.html#align"></a> to
 115     the structure in the existing view. (<em>new feature in Jalview
 116       2.6</em>).
 117   </li>
 118
 119     <li>If the structure is already shown, then you will be
 120       prompted to associate the sequence with an existing view of the
 121       selected structure. This is useful when working with multi-domain
 122       or multi-chain PDB files.</li>
 123
 124     <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
 125     </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for
 126       more information about the display.
 127     </li>
 128   </ul>
 129
 130
 131   <p>
 132     <strong>Retrieving sequences from the PDB</strong><br>You can
 133     retrieve sequences from the PDB using the <a
 134       href="pdbsequencefetcher.html">Sequence Fetcher</a>. The sequences
 135     retrieved with this service are derived directly from the PDB 3D
 136     structure data, which can be viewed in the same way above. Secondary
 137     structure and temperature factor annotation can also be added. <br />
 138
 139     <br>Jalview will also read PDB files directly - either in PDB
 140     format, or <a href="mmcif.html">mmCIF</a>. Simply load in the file
 141     as you would an alignment file. The sequences of any protein or
 142     nucleotide chains will be extracted from the file and viewed in the
 143     alignment window.
 144   </p>
 145
 146   <p>
 147     <strong>Associating a large number of PDB files to
 148       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
 149     with structure alignments that you will have a directory of PDB
 150     files, and an alignment involving one or more of the structures. If
 151     you drag a number of PDB files onto an alignment in the Jalview
 152     desktop, Jalview will give you the option of associating PDB files
 153     with sequences that have the same filename. This means, for example,
 154     you can automatically associate PDB files with names like '1gaq.pdb'
 155     with sequences that have an ID like '1gaq'. <br /> <em>Note:
 156       This feature was added in Jalview 2.7</em>
 157   </p>
 158   <p>
 159     <em>Note for Jalview applet users:<br> Due to the applet
 160       security constraints, PDB Files can currently only be imported by
 161       cut and paste of the PDB file text into the text box opened by the
 162       'From File' entry of the structure menu.
 163     </em>
 164   </p>
 165
 166   <p>
 167     <strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 168     Sequences which have PDB entry or PDB file associations are
 169     annotated with sequence features from a group named with the
 170     associated PDB accession number or file name. Each feature gives the
 171     corresponding PDB Residue Number for each mapped residue in the
 172     sequence. The display of these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 173       Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 174       Settings dialog box</a>.
 175   </p>
 176   <br />
 177   <hr>
 178   <p>
 179     <strong>Switching between mmCIF and PDB format for
 180       downloading files from the PDB</strong><br /> Jalview now employs the <a
 181       href="mmcif.html">mmCIF format</a> for importing 3D structure data
 182     from flat file and EMBL-PDBe web-service, as recommended by the
 183     wwwPDB. If you prefer (for any reason) to download data as PDB files
 184     instead, then first close Jalview, and add the following line to
 185     your .jalview_properties file:<br />
 186     <code> PDB_DOWNLOAD_FORMAT=PDB </code>
 187     <br /> When this setting is configured, Jalview will only request
 188     PDB format files from EMBL-EBI's PDBe.<br /> <em>mmCIF format
 189       file support was added in Jalview 2.10.</em>
 190   </p>
 191
 192   <p>
 193     <em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 194         files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>Structures imported
 195       via the cut'n'paste dialog box will not be correctly highlighted
 196       or coloured when they are displayed in structure views, especially
 197       if they contain more than one PDB structure. See the bug report at
 198       http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em>
 199   </p>
 200
 201 </body>
 202 </html>
 203