help/html/features/viewingpdbs.html

   1 <html>
   2 <head><title>PDB Viewing</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
   5 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence via the <strong>&quot;Structure&#8594;View
   6   PDB entry:&quot;</strong> entries from a sequence's <a
   7   href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>. This will open an
   8   interactive display of the structure in a new window, or prompt you
   9   to associate the sequence with an existing view of the selected
  10   structure. See the <a href="jmol.html">Jmol PDB viewer</a> help page
  11   for more information about the display.
  12 </p>
  13 <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence ID and select
  14   &quot;Structure<strong>&#8594;</strong> Associate Structure with Sequence&quot;,
  15   and one of the submenus:</p>
  16 <ul>
  17   <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or network and
  18     associate it with the selected sequence. PDB files associated in this way
  19     will also be saved in the <a href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>. <br>
  20   </li>
  21   <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the EBI, to fetch
  22     the PDB file with the entered Id.<br>
  23   </li>
  24   <li>Discover PDB Ids - Jalview uses WSDBFetch, provided by the EBI, to discover
  25     PDB ids for all the sequences in the alignment which have valid Uniprot names
  26     / accession ids. </li>
  27 </ul>
  28 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  29 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  30   href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with this
  31   service are automatically associated with their source database entry. For PDB
  32   sequences, simply select PDB as the database and enter your known PDB id (appended
  33   with ':' and a chain code, if desired).
  34 <br>Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file
  35 as you would an alignment file. The sequences of any peptide chains
  36 will be extracted from the file and viewed in the alignment window.
  37 <br><em>Note for jalview applet users: due to the applet security
  38 constraints, PDB Files can currently only be imported by cut and paste
  39 of the PDB file text into the text box opened by the 'From File' entry
  40 of the structure menu.</p>
  41 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
  42 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
  43 with sequence features from a group named with the associated PDB
  44 accession number or file name. Each feature gives the corresponding
  45 PDB Residue Number for each mapped residue in the seuqence. The
  46 display of these features is controlled through the
  47 <strong>&quot;View&#8594;Sequence Features&quot;</strong> menu item
  48 and the <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog
  49 box</a>.</p>
  50 </body>
  51 </html>