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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Jalview Documentation</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <IMG src="Jalview_Logo.png">
28   <p>
29     <strong>Welcome to Jalview's built in documentation.</strong>
30   </p>
31   <p>Here are some good places to start:</p>
32   <ul>
33     <li><a href="whatsNew.html">What's New</a> summarises the new
34       features in this release of Jalview.</li>
35     <li>Learn how to <a href="editing/index.html">edit
36         alignments</a> with Jalview.
37     </li>
38     <li><a href="features/seqfeatures.html">Import and display
39         sequence features on your alignment</a></li>
40     <li>Use <a href="features/viewingpdbs.html">Jmol to view
41         and superpose 3D structures</a> associated with sequences in the
42       alignment
43     </li>
44   </ul>
45   <p>
46     For more information, you might also want to take a look at the
47     documentation section of the Jalview website (<a
48       href="http://www-test.jalview.org/about/documentation">http://www.jalview.org/about/documentation</a>).
49   </p>
50   <p>
51     If you are using the Jalview Desktop application and are looking for
52     something specific, then try the search box (next to the print
53     icon). If you're already viewing this in your web browser, then
54     google the online version of these pages. If you don't find what you
55     are looking for, or want to report a bug or make a feature request,
56     then get in contact over at <a
57       href="http://www.jalview.org/community">http://www.jalview.org/community</a>
58   </p>
59
60   <p>
61     <strong>Citing Jalview</strong><br />If you use Jalview in your
62     work, please cite the Jalview 2 paper in Bioinformatics:
63   </p>
64   <p>
65     Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M., Barton,
66     G.J (2009), <br> &quot;Jalview version 2: A Multiple Sequence
67     Alignment and Analysis Workbench,&quot;<br> <em>Bioinformatics</em>
68     <strong>25</strong> (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
69   </p>
70   <p>
71     <strong>The Jalview Authors</strong><br /> The following people
72     have contributed to Jalview's development:
73   <ul>
74     <li>Jalview 1
75       <ul>
76         <li>Michele Clamp</li>
77         <li>James Cuff</li>
78         <li>Steve Searle</li>
79         <li>David Martin</li>
80         <li>Geoff Barton</li>
81       </ul>
82     </li>
83     <li>Jalview 2
84       <ul>
85         <li>Jim Procter</li>
86         <li>Andrew Waterhouse</li>
87         <li>Mungo Carstairs</li>
88         <li>Tochukwu 'Charles' Ofoegbu</li>
89         <li>Jan Engelhardt</li>
90         <li>Lauren Lui</li>
91         <li>Anne Menard</li>
92         <li>Natasha Sherstnev</li>
93         <li>Daniel Barton</li>
94         <li>David Roldan-Martinez</li>
95         <li>David Martin</li>
96         <li>Geoff Barton</li>
97       </ul>
98     </li>
99   </ul>
100   </p>
101 </body>
102 </html>