do not commit .settings to .git
[jalview.git] / help / html / index.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  * 
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18 -->
19 <head><title>Jalview Documentation</title></head>
20
21 <body>
22 <IMG src="align.jpg"><font size="4">
23 <br><br>
24 <strong>Jalview Documentation</strong></font>
25 <br><br>
26 Jalview (2009) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It
27 features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,
28 for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is
29 fully interactive. (View the <a href="http://www.jalview.org">Jalview homepage</a> at www.jalview.org).
30 <p></p>
31 <p> If you use Jalview in your work, please cite the Jalview 2 paper in Bioinformatics: </p>
32 <p>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M., Barton, G.J (2009), <br>
33    &quot;Jalview version 2: A Multiple Sequence Alignment and Analysis Workbench,&quot;<br>
34    <em>Bioinformatics</em> <strong>25</strong> (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
35 </body>
36 </html>