help/html/io/export.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Exporting alignments as artwork</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Exporting alignments as graphics and lineart<a
  28       name="export"></a></strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     The alignment view can be printed using <strong>File&#8594;Print</strong>,
  32     or exported in a number of ways via the <strong>File&#8594;Export</strong>
  33     menu:
  34
  35   <ul>
  36     <li>HTML<br>
  37     <em>for viewing in a web browser</em>
  38     </li>
  39     <li>PNG - a Portable Networks Graphics image<br>
  40     <em>For low quality diagrams and powerpoint presentations</em>
  41     </li>
  42     <li>EPS - an Encapsulated Postscript Document<br>
  43     <em>For high quality diagrams and publications.</em>
  44     <li>SVG - a Scalable Vector Graphics document<br>
  45     <em>For high quality diagrams in publications and on the web.</em>
  46     </li>
  47     <li>BioJS MSA - A JavaScript based multiple sequence alignment
  48       viewer. <br> <em>For interactive alignment data
  49         visualisation in a web browser.<br />Get more info about the
  50         BioJS MSA viewer at a
  51         href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>
  52     </em>
  53     </li>
  54
  55   </ul>
  56   <a name="htmlexport" />
  57   <p>
  58     <strong>Exporting alignments as Web Pages</strong>
  59
  60   <p>
  61     In Jalview 2.9, new HTML exporting options were introduced. The
  62     standard HTML export option displays alignments as SVG documents
  63     embedded as scollable panes. Exported pages can optionally also
  64     include <a href="../features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a> data,
  65     which allows Jalview to extract the original data used to create the
  66     page. Jalview can also generate HTML pages which embed BioJSON data
  67     and the BioJS MSA viewer, a pure javascript alignment viewer that
  68     provides a range of interactive analysis capabiltiies.
  69   </p>
  70   <p>
  71
  72 <p><strong>Tips for working with EPS Files</strong></p>
  73 <li>The EPS file generated by Jalview contains vector graphics which are directly
  74   editable in graphics applications such as Adobe Illustrator.</li>
  75 <li>EPS files can be produced as &quot;Text&quot; or &quot;Lineart&quot;. Use
  76   &quot;Text&quot; if you want the final document to be MUCH smaller in diskspace
  77   and be able to search, edit and select text. Use &quot;Lineart&quot; if you
  78   want an exact image of the alignment as displayed in Jalview. This is useful
  79   if a 3rd Party EPS viewer does not have the same Font which the EPS file was
  80   created with.</li>
  81 <li>When importing an EPS file into a Microsoft office document, a snapshot image of the
  82   file will be displayed which often looks blurred. Right-click the
  83   image and choose &quot;Edit image.&quot; to convert it to word
  84   drawing objects which give a truer WYSIWIG representation.
  85   </li>
  86   <li>
  87   Mac OSX users will find that eps files are automatically converted into
  88   PDF files.
  89   </li>
  90 </p>
  91 </body>
  92 </html>