help/html/io/exportseqreport.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Viewing and exporting sequence annotation reports</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Viewing and exporting sequence annotation reports</strong>
  25 <br/>
  26 Much of the information retrieved by Jalview about a sequence is visualized on the alignment.
  27 Often, however, there are a huge number of ontology terms, cross-references, links to publications and other kinds of data shown
  28  in the sequence ID tooltip that cannot be examined. In this case, you can view and export the information shown in a sequence's ID tooltip by right-clicking and
  29 selecting the <strong>&quot;<em>(sequence's name)</em></em>&rarr;Sequence Details ...&quot;</strong> entry from the <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.
  30 </p>
  31 <p><strong>Annotation Reports for a range of sequences</strong><br/>
  32 If you would like to view the tooltips for a number of sequences, simply select them all and then use the <strong>Selection&rarr;Sequence Details ...</strong> entry in the <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.
  33 </p>
  34 <img src="seqreport.gif" alt="Sequence Annotation is displayed as HTML in a report window"/>
  35 <p><strong>Copying and pasting annotation to other programs</strong><br>
  36 The <strong>File&rarr;Save</strong> option in the sequence annotation report window allows the report to be saved as HTML, which will preserve links and any other metadata. It is also possible to copy and paste the text to other programs, but in some cases, the HTML will not be preserved. In that case, you can toggle the display of HTML source code with the <strong>Edit&rarr;Show HTML Source</strong> drop down menu entry.
  37 </p>
  38 </body>
  39 </html>