JAL-2913 use FIGURE_FIXEDIDWIDTH (not FIGURE_USERIDWIDTH)
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Input/Output</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Input</strong>
28   </p>
29   <p>Jalview can read alignment files in any of the following
30     standard formats:</p>
31   <p>
32     <em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
33       NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em>
34   </p>
35   <p>
36     Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
37     trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
38       (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load
39       Project</strong>.
40   </p>
41   <p>
42     Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use the <strong>Desktop&#8594;Input
43       Alignment</strong> menu to read in alignments from:
44   </p>
45   <ul>
46     <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
47     <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full
48       url)</li>
49     <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
50       &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
51   </ul>
52   <p>
53     Jalview will try to recognise the file type automatically (using
54     some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is
55     of an unknown format or there is any other error reading the
56     alignment file then you will be given an error message. If you think
57     Jalview really should be able to read your file, then send an email
58     containing the problem file to help@jalview.org.
59   </p>
60   <p>
61     Jalview can also read Jalview specific files for <a
62       href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a>
63     and <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment
64       annotation</a>.
65   </p>
66   <p>
67     <strong>Output</strong>
68   </p>
69   <p>
70     Each alignment, whether it is the original or an edited version may
71     be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
72       As</strong>
73   </p>
74   <p>
75     <em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
76       NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em>
77   </p>
78   Jalview will by default append the sequence start and end to each
79   sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
80   behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot;
81   tab on the
82   <a href="../features/preferences.html">Preferences</a> window where
83   you can select which file formats you want to append the start and end
84   sequence positions for. In the case of PIR format, the output tab also
85   contains a switch for turning on the output of Modeller style
86   structured description lines.
87   <p>
88     Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
89       annotation</a> can be exported as a comma separated value file by
90     right clicking on an annotation row under the alignment.
91   </p>
92   <p>
93     You can also save the current set of alignments and their colours,
94     annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
95       project</strong>.<br>The project data includes the state of any open
96     structure viewers (Jmol, and <em>since Jalview 2.9</em> also Chimera
97     and Varna).
98   </p>
99   <p>&nbsp;</p>
100 </body>
101 </html>