help/html/io/index.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Input/Output</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Input</strong></p>\r
   5 <p>Jalview can read alignment files in any of the following standard formats:</p>\r
   6 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,\r
   7 NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em></p>\r
   8 <p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a> of\r
   9   these file formats.</p>\r
  10 <p>Additionally, annotated whole sets of alignments and trees can be\r
  11 read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview (jar)\r
  12 format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load\r
  13 Project</strong>. </p>\r
  14 <p>Use the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in files from:</p>\r
  15 <ul>\r
  16   <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>\r
  17   <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>\r
  18   <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the\r
  19   &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>\r
  20 </ul>\r
  21 <p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using\r
  22 some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a\r
  23 file is of an unknown format or there is any other error reading the\r
  24 alignment file then you will be given an error message. If you think\r
  25 Jalview really should be able to read your file, then send an email\r
  26 containing the problem file to jalview@jalview.org.\r
  27 </p>\r
  28 <p>Jalview can also read jalview specific files for <a href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a>\r
  29 and <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotation</a>.</p>\r
  30 <p><strong>Output</strong> </p>\r
  31 <p>Each alignment, whether it is the original or an edited version may be saved\r
  32   in the standard formats using <strong>File&#8594;Save As</strong></p>\r
  33 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>\r
  34 Jalview will by default append the sequence start and end to each sequence name, \r
  35 in the format /start-end. If you do not want this behaviour for a particular file \r
  36 output, open the &quot;Output&quot; tab on the <a href="../features/preferences.html">Preferences</a> window where you can \r
  37 select which file formats you want to append the start and end sequence positions \r
  38 for. In the case of PIR format, the output tab also contains a switch\r
  39 for turning on the output of Modeller style structured description\r
  40 lines.\r
  41 <p>Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment annotation</a> can be exported as a\r
  42 comma separated value file by right clicking on an annotation row\r
  43 under the alignment.</p>\r
  44 <p>You can also save the current set of alignments and their colours, annotations and\r
  45 trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save project</strong>. </p>\r
  46 <p>&nbsp;</p>\r
  47 </body>\r
  48 </html>\r